LXL04_018678 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018678

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 16556968-16562416 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2775 bp · LXL04_018678|LXL04_018678|OH1004|cDNA

ATGCAACTATATCTTAAATTAACTTGTGTCTTGTCTCCACTTACTAAAACTCTGAATCATATGGATCTCCATTGGTGCTTCTTCACTATTCTCTTGTTTTTTAGCTACCCCAACCTCATTTCATGTGATCAAGAAGGTTTTTGGAGTTTGTCATGTGGAAGTGCTACAAATTTCATTGACTCATCCAACATTTCATGGGTATCAGACTATAACTATATCACAAAAGGGAACACTACAATTGTCGATTCCAATGAGTCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2775 bp · LXL04_018678|LXL04_018678|OH1004|CDS

ATGCAACTATATCTTAAATTAACTTGTGTCTTGTCTCCACTTACTAAAACTCTGAATCATATGGATCTCCATTGGTGCTTCTTCACTATTCTCTTGTTTTTTAGCTACCCCAACCTCATTTCATGTGATCAAGAAGGTTTTTGGAGTTTGTCATGTGGAAGTGCTACAAATTTCATTGACTCATCCAACATTTCATGGGTATCAGACTATAACTATATCACAAAAGGGAACACTACAATTGTCGATTCCAATGAGTCGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

924 aa · LXL04_018678|LXL04_018678|OH1004|PROTEIN

MQLYLKLTCVLSPLTKTLNHMDLHWCFFTILLFFSYPNLISCDQEGFWSLSCGSATNFIDSSNISWVSDYNYITKGNTTIVDSNESIRFFPHPRSRNCYKLPLNYASSSLILIRVSFVYKNYDGLQQPPLFSVSFGTAIFATVNLSVKDPWVEEFIWRIEKENVLLCLNSIPNGGIPVISSIEFRPTPQGGYYNGMEDFTNKLIRKRYRINCGFTNGSIRYPLDQYDRIWDPDQDFSPFHTSIGFNILDTFNTWALTESP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018678`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018678

位置 Chr04:16556968-16562416 (-)

描述 Similar to At5g48740: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g48740

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48740`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At5g48740。	暂无已核实直接文献
`At1g67720`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g67720。	暂无已核实直接文献
`At2g14510`	含亮氨酸重复的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g14510。	暂无已核实直接文献
`At2g14440`	假定含亮氨酸重复的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g14440。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018678 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G67720

ath:AT2G14510

ath:AT5G48740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.792

排名 1 · LXL04_018678 · OH-1004

内质网0.105

排名 2 · LXL04_018678 · OH-1004

细胞质0.082

排名 3 · LXL04_018678 · OH-1004

溶酶体／液泡0.055

排名 4 · LXL04_018678 · OH-1004

细胞核0.046

排名 5 · LXL04_018678 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12819.14Malectin_like50-359 aa

PF12799.14LRR_4430-472 aa

PF13855.13LRR_8452-510 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr637-903 aa

PF00069.32Pkinase637-903 aa

PF03109.23ABC1699-799 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018678	`PF12819.14`	Malectin_like	50	359	1.9e-46	159.6
LXL04_018678	`PF12799.14`	LRR_4	430	472	2.2e-08	34.8
LXL04_018678	`PF13855.13`	LRR_8	452	510	4.7e-08	33.4
LXL04_018678	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	637	903	1.5e-46	159.5
LXL04_018678	`PF00069.32`	Pkinase	637	903	5e-46	157.9
LXL04_018678	`PF03109.23`	ABC1	699	799	4.1e-07	30.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGV0`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g48740	58.518%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGI2`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g67720	33.438%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZQR3`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g14510	33.189%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZQQ7`	拟南芥	Putative leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g14440	32.465%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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