LXL04_018606 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018606

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 15555302-15559033 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2043 bp · LXL04_018606|LXL04_018606|OH1004|cDNA

ATGAGGCAGCTTCGCCAGAGGGAGATGGATCTCCTTGTCTTGTGTCCTATACGGGTGGGTGATGGTCTCACTACCCGGTTCTGGCAGGATAGGTGGGTGGGTGATCAACCTCTGATTGATGCCTTTCCTTGGGTTTTTGCTTTGGATATTTTTCAGCAAGTGACTGTTGGAGAGCAGGTTCAAATTGAGTGGAATCTAGATTTGTTATGTAGGAGACCAAGGGGTGAGGCTGAGCAGGTGCAGTGGGAGACTTTCATGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2043 bp · LXL04_018606|LXL04_018606|OH1004|CDS

ATGAGGCAGCTTCGCCAGAGGGAGATGGATCTCCTTGTCTTGTGTCCTATACGGGTGGGTGATGGTCTCACTACCCGGTTCTGGCAGGATAGGTGGGTGGGTGATCAACCTCTGATTGATGCCTTTCCTTGGGTTTTTGCTTTGGATATTTTTCAGCAAGTGACTGTTGGAGAGCAGGTTCAAATTGAGTGGAATCTAGATTTGTTATGTAGGAGACCAAGGGGTGAGGCTGAGCAGGTGCAGTGGGAGACTTTCATGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

680 aa · LXL04_018606|LXL04_018606|OH1004|PROTEIN

MRQLRQREMDLLVLCPIRVGDGLTTRFWQDRWVGDQPLIDAFPWVFALDIFQQVTVGEQVQIEWNLDLLCRRPRGEAEQVQWETFMVQMSEVLLVGRRDRLGWLGDASDCFSVASACKWLDSRFLFVGGRITRWNSWIPIKLNLLLWRIRNGILPSRERLSVHGIMVNKSTGPFDALLCVGQFFPDASERLEELTEYIEGRKNIPLPTYFIGDYGAGAAKVLSAAAKESSNQGFKMDGLKIRDNLFWLKGSGKFTLHGLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018606`
TK1151 ID	TkA08G072050
OH-1004 ID	LXL04_018606
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.784 / OH-1004 75.588 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018606

位置 Chr04:15555302-15559033 (+)

描述 Similar to At5g56900: Zinc finger CCCH domain-containing protein 64

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56900`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白质 64。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0364000`	含锌指CCCH结构域蛋白59。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018606 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0071014 post-mRNA release spliceosomal complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061632 RNA lariat debranching enzyme activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G56900

dosa:Os09g0364000

mmu:72502

pon:100173021

xla:379111

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.653

排名 1 · LXL04_018606 · OH-1004

细胞质0.425

排名 2 · LXL04_018606 · OH-1004

线粒体0.047

排名 3 · LXL04_018606 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 4 · LXL04_018606 · OH-1004

内质网0.031

排名 5 · LXL04_018606 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L392-418 aa

PF04677.21CwfJ_C_1457-574 aa

PF04676.20CwfJ_C_2597-677 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018606	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	392	418	3.8e-09	37.1
LXL04_018606	`PF04677.21`	CwfJ_C_1	457	574	8.6e-36	123.2
LXL04_018606	`PF04676.20`	CwfJ_C_2	597	677	7.4e-20	72.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WU9`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 64	56.794%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69NK8`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 59	53.688%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情