LXL04_018549 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018549

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 14502851-14504413 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1563 bp · LXL04_018549|LXL04_018549|OH1004|cDNA

ATGATATACACCAGGATGGCTGTAGTTGTTGATCATCCTCATGGATTCAGGCCACTTGCACGACTCCCAAAATGCCGACTCCAATCTTACTCTCACTTGGATCCCATTCCCACCATGCTTGATTTCACACATCCCTCAAATCTCACCTCTAATTTCCACAAAAGCTATTCCACCCCATGCCTTTCCCTAAACCAAGAGTTTGAATCCCCAAACCCTAGAATCGAAATCATCAGTGGCCGTAAGGCACCCATGGTTCACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1563 bp · LXL04_018549|LXL04_018549|OH1004|CDS

ATGATATACACCAGGATGGCTGTAGTTGTTGATCATCCTCATGGATTCAGGCCACTTGCACGACTCCCAAAATGCCGACTCCAATCTTACTCTCACTTGGATCCCATTCCCACCATGCTTGATTTCACACATCCCTCAAATCTCACCTCTAATTTCCACAAAAGCTATTCCACCCCATGCCTTTCCCTAAACCAAGAGTTTGAATCCCCAAACCCTAGAATCGAAATCATCAGTGGCCGTAAGGCACCCATGGTTCACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

520 aa · LXL04_018549|LXL04_018549|OH1004|PROTEIN

MIYTRMAVVVDHPHGFRPLARLPKCRLQSYSHLDPIPTMLDFTHPSNLTSNFHKSYSTPCLSLNQEFESPNPRIEIISGRKAPMVHALVAEVAIALASGVKPKPVSSGLGGAYYLQSRKGNTIAVVKPADEEPLAFNNPKGFAGRMLGQPGMKRSIRVGETGLRELAAYLLDHDGFAGVPPSALVKICHVTFNINHSSTSNPNSIKSPPFKITSIQRYVEHETDAGDLGPSGFSISSVHRIGILDIRLLNLDRHAGNMLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018549`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018549

位置 Chr04:14502851-14504413 (+)

描述 Similar to PI4KG8: Phosphatidylinositol 4-kinase gamma 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56600`	磷脂酰肌醇 (PI) 被磷酸化为 PI4P 是生成磷脂酰肌醇 4,5-二磷酸 (PIP2) 的第一步承诺步骤，PIP2 是第二信使肌醇 1,4,5-三磷酸 (InsP3) 的前体。	暂无已核实直接文献
`At2g40850`	磷脂酰肌醇 (PI) 被磷酸化为 PI4P 是生成磷脂酰肌醇 4,5-二磷酸 (PIP2) 的第一步承诺步骤，PIP2 是第二信使肌醇 1,4,5-三磷酸 (InsP3) 的前体。	暂无已核实直接文献
`At1g26270`	磷脂酰肌醇 (PI) 被磷酸化为 PI4P 是生成磷脂酰肌醇 4,5-二磷酸 (PIP2) 的第一步承诺步骤，PIP2 是第二信使肌醇 1,4,5-三磷酸 (InsP3) 的前体。	暂无已核实直接文献
`At2g03890`	将磷脂酰肌醇（PI）磷酸化为PI4P是生成磷脂酰肌醇4,5-二磷酸（PIP2）的第一步，这是第二信使肌醇1,4,5-三磷酸（InsP3）的前体（通过相似性推测）。	Characterization of a new family of protein kinases from Arabidopsis containing phosphoinositide 3/4-kinase and ubiquitin-like domains.2008 · DOI: 10.1042/bj20070959
`At1g13640`	磷脂酰肌醇 (PI) 被磷酸化为 PI4P 是生成磷脂酰肌醇 4,5-二磷酸 (PIP2) 的第一步承诺步骤，PIP2 是第二信使肌醇 1,4,5-三磷酸 (InsP3) 的前体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018549 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0046854 phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004430 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043424 protein histidine kinase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26270

ath:AT2G03890

ath:AT2G40850

ath:AT3G56600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.420

排名 1 · LXL04_018549 · OH-1004

细胞质0.408

排名 2 · LXL04_018549 · OH-1004

细胞膜0.153

排名 3 · LXL04_018549 · OH-1004

质体0.084

排名 4 · LXL04_018549 · OH-1004

内质网0.080

排名 5 · LXL04_018549 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00454.34PI3_PI4_kinase110-355 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018549	`PF00454.34`	PI3_PI4_kinase	110	355	1.1e-41	144.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WMZ6`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-kinase gamma 8	50.758%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22199`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-kinase gamma 1	46.655%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C671`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-kinase gamma 5	43.371%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SI52`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-kinase gamma 7	54.278%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W4R8`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-kinase gamma 6	54.255%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情