LXL04_018509 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018509

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 13951299-13966463 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1728 bp · LXL04_018509|LXL04_018509|OH1004|cDNA

ATGGCTCAGTTTTATTCAACTTATTTATCTCAATCGTTCACTGAAGCATTTCATACTCCCTCCATCCCCAATTTCAACGCAAAACCAGGTGTTTTGTTTCAATTAGATAATCGGAAAATGACAGATGAAGTGAAGTTGTATGGTGCTAAGGGAAGTCCATTCGCTTGCAGAGTGAAAATCGCTTTGAATACGAAGGGAATCAAATACGAAAACATCGAAGAAGATATCTTCAACAAGAGTGCCGACCTATTAAAGTATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1728 bp · LXL04_018509|LXL04_018509|OH1004|CDS

ATGGCTCAGTTTTATTCAACTTATTTATCTCAATCGTTCACTGAAGCATTTCATACTCCCTCCATCCCCAATTTCAACGCAAAACCAGGTGTTTTGTTTCAATTAGATAATCGGAAAATGACAGATGAAGTGAAGTTGTATGGTGCTAAGGGAAGTCCATTCGCTTGCAGAGTGAAAATCGCTTTGAATACGAAGGGAATCAAATACGAAAACATCGAAGAAGATATCTTCAACAAGAGTGCCGACCTATTAAAGTATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

575 aa · LXL04_018509|LXL04_018509|OH1004|PROTEIN

MAQFYSTYLSQSFTEAFHTPSIPNFNAKPGVLFQLDNRKMTDEVKLYGAKGSPFACRVKIALNTKGIKYENIEEDIFNKSADLLKYNPVHKKVPVLVHNGNPIAESLVILEYIDDVWKGVPIMPRDSYERALARFWAKFLDDKCIPALKAVGSNGDEKVVAEACEQLQILENELKLKGTKFFGGDDINLIDIAGVFIAFWLGIREEVAGIKFFTEDKFPKLTKWAHDFVNREAVKDALPPREHTLGFYNKMFGKINRMAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018509`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018509

位置 Chr04:13951299-13966463 (-)

描述 Similar to HSP26-A: Probable glutathione S-transferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09270`	可能参与将还原型谷胱甘肽结合到大量外源性和内源性疏水性电亲分子上，并在对某些除草剂的解毒中起作用。	暂无已核实直接文献
`At2g29420`	可能参与将还原型谷胱甘肽结合到大量外源性和内源性疏水性电亲分子上，并在对某些除草剂的解毒中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018509 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006749 glutathione metabolic process 生物过程

GO:0009407 toxin catabolic process 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004364 glutathione transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09270

gmx:100527851

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.802

排名 1 · LXL04_018509 · OH-1004

细胞核0.174

排名 2 · LXL04_018509 · OH-1004

线粒体0.078

排名 3 · LXL04_018509 · OH-1004

内质网0.069

排名 4 · LXL04_018509 · OH-1004

细胞膜0.069

排名 5 · LXL04_018509 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02798.27GST_N43-114 aa

PF13417.13GST_N_346-115 aa

PF13409.13GST_N_252-115 aa

PF00043.31GST_C157-232 aa

PF02798.27GST_N261-332 aa

PF13417.13GST_N_3264-333 aa

PF13409.13GST_N_2270-333 aa

PF00043.31GST_C377-448 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018509	`PF02798.27`	GST_N	43	114	1.8e-44	150.6
LXL04_018509	`PF13417.13`	GST_N_3	46	115	3.3e-35	121.0
LXL04_018509	`PF13409.13`	GST_N_2	52	115	4e-32	111.3
LXL04_018509	`PF00043.31`	GST_C	157	232	4.1e-34	117.4
LXL04_018509	`PF02798.27`	GST_N	261	332	1.8e-44	150.6
LXL04_018509	`PF13417.13`	GST_N_3	264	333	3.3e-35	121.0
LXL04_018509	`PF13409.13`	GST_N_2	270	333	4e-32	111.3
LXL04_018509	`PF00043.31`	GST_C	377	448	4.1e-34	117.4
LXL04_018509	`PF00043.31`	GST_C	478	549	4.1e-34	117.4
LXL04_018509	`PF25907.1`	DUF7962	479	549	1.7e-16	61.2
LXL04_018509	`PF13410.12`	GST_C_2	486	546	2.6e-11	44.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SR36`	拟南芥	Glutathione S-transferase U8	55.093%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZW24`	拟南芥	Glutathione S-transferase U7	44.889%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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