LXL04_018445 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018445

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 13052827-13057818 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2844 bp · LXL04_018445|LXL04_018445|OH1004|cDNA

ATGGCTGGCTCTGCAAAAGCTCTCGAACCTGCATTCCAAGGAGTTGGTCAAAGAGTAGGGACTGAAATATGGAGAATCGAAAACTTCCAGCCTACACCTTTGCCTAAATCCAACTACGGCAAATTCTACTCCGGTGATTCATACATCGTATTACAGACTACTTCTGGTAAAGGAGGTGCTTATAACTACGACATACATTTCTGGCTAGGAAAAGATACTAGCCAGGATGAAGCGGGGACCGCAGCGATAAAAACGGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2844 bp · LXL04_018445|LXL04_018445|OH1004|CDS

ATGGCTGGCTCTGCAAAAGCTCTCGAACCTGCATTCCAAGGAGTTGGTCAAAGAGTAGGGACTGAAATATGGAGAATCGAAAACTTCCAGCCTACACCTTTGCCTAAATCCAACTACGGCAAATTCTACTCCGGTGATTCATACATCGTATTACAGACTACTTCTGGTAAAGGAGGTGCTTATAACTACGACATACATTTCTGGCTAGGAAAAGATACTAGCCAGGATGAAGCGGGGACCGCAGCGATAAAAACGGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

947 aa · LXL04_018445|LXL04_018445|OH1004|PROTEIN

MAGSAKALEPAFQGVGQRVGTEIWRIENFQPTPLPKSNYGKFYSGDSYIVLQTTSGKGGAYNYDIHFWLGKDTSQDEAGTAAIKTVELDACLGGRAVQYRELQGHESDKFLSYFKPCIIPLEGGVASGFKEVEEEEFQIRLYTCKGKRVVRLKQVPFSRSTLNHDDVFILDTKEKIFQFNGANSNIQERAKALEVIQFLKDKYHDGTCDVAIVDDGKLQAEGDSGEFWVIFGGFAPIGKKVASEDDIIPEKTSPKLFCIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018445`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018445

位置 Chr04:13052827-13057818 (+)

描述 Similar to VLN2: Villin-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41740`	可能作为受 Ca²⁺ 调控的肌动蛋白结合蛋白。	Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 are required for the generation of thick actin filament bundles and for directional organ growth.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.192385 Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 act redundantly in sclerenchyma development via bundling of actin filaments.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05044.x Arabidopsis villins promote actin turnover at pollen tube tips and facilitate the construction of actin collars.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110940
`At3g57410`	结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺，但切断肌动蛋白丝依赖钙离子。	Arabidopsis VILLIN1 and VILLIN3 have overlapping and distinct activities in actin bundle formation and turnover.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076240 Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 are required for the generation of thick actin filament bundles and for directional organ growth.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.192385 Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 act redundantly in sclerenchyma development via bundling of actin filaments.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05044.x
`At4g30160`	结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺，但可封闭肌动蛋白丝正端并以钙依赖方式切断丝状结构。	Arabidopsis VILLIN4 is involved in root hair growth through regulating actin organization in a Ca2+-dependent manner.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03632.x The universal bundling activity of AtVLN4 in diffusely growing cells.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16501
`At5g57320`	主要肌动蛋白丝稳定因子和肌动蛋白动力学调节剂。	Arabidopsis VILLIN5, an actin filament bundling and severing protein, is necessary for normal pollen tube growth.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076257 Arabidopsis villins promote actin turnover at pollen tube tips and facilitate the construction of actin collars.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110940

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0356700`	Ca²⁺调控的肌动蛋白结合蛋白（根据相似性）。	VLN2 Regulates Plant Architecture by Affecting Microfilament Dynamics and Polar Auxin Transport in Rice.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00581

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018445 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0030042 actin filament depolymerization 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0051014 actin filament severing 生物过程

GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程

GO:0051693 actin filament capping 生物过程

GO:0051764 actin crosslink formation 生物过程

GO:0099636 cytoplasmic streaming 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41740

ath:AT3G57410

ath:AT4G30160

ath:AT5G57320

dosa:Os03g0356700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.708

排名 1 · LXL04_018445 · OH-1004

细胞膜0.214

排名 2 · LXL04_018445 · OH-1004

细胞核0.187

排名 3 · LXL04_018445 · OH-1004

高尔基体0.116

排名 4 · LXL04_018445 · OH-1004

内质网0.074

排名 5 · LXL04_018445 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00626.28Gelsolin29-111 aa

PF00626.28Gelsolin150-220 aa

PF00626.28Gelsolin264-337 aa

PF25480.2DUF7904397-486 aa

PF00626.28Gelsolin406-483 aa

PF00626.28Gelsolin532-582 aa

PF00626.28Gelsolin646-719 aa

PF02209.25VHP912-947 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018445	`PF00626.28`	Gelsolin	29	111	2.6e-73	242.6
LXL04_018445	`PF00626.28`	Gelsolin	150	220	2.6e-73	242.6
LXL04_018445	`PF00626.28`	Gelsolin	264	337	2.6e-73	242.6
LXL04_018445	`PF25480.2`	DUF7904	397	486	7.4e-19	68.1
LXL04_018445	`PF00626.28`	Gelsolin	406	483	2.6e-73	242.6
LXL04_018445	`PF00626.28`	Gelsolin	532	582	2.6e-73	242.6
LXL04_018445	`PF00626.28`	Gelsolin	646	719	2.6e-73	242.6
LXL04_018445	`PF02209.25`	VHP	912	947	8.5e-16	58.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81644`	拟南芥	Villin-2	67.071%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81645`	拟南芥	Villin-3	67.919%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O65570`	拟南芥	Villin-4	48.938%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVC6`	拟南芥	Villin-5	46.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10L71`	水稻	Villin-2	61.212%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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