LXL04_018443 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018443

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 13034167-13035924 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1758 bp · LXL04_018443|LXL04_018443|OH1004|cDNA

ATGCTATCAGACTACCATTCCCCTTCCATTCTCAAACAATGCATCGCCATCTTGCATTCACGCGCCACTTCAATCCCCAAACTCAAACAAATCCATGCTTTTTCAATCAAGCATGGCGTCCCTCTCAACAACCCAGACATGGGGAAACATCTTCTCTTCACTCTCGTCTCCCTCGCCGCACCTATGCCATACGCCCACGAAATCTTCAAGCAACTCCACAACCCTAACATTTTCACTTGGAACACGATGATTAGAGGCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1758 bp · LXL04_018443|LXL04_018443|OH1004|CDS

ATGCTATCAGACTACCATTCCCCTTCCATTCTCAAACAATGCATCGCCATCTTGCATTCACGCGCCACTTCAATCCCCAAACTCAAACAAATCCATGCTTTTTCAATCAAGCATGGCGTCCCTCTCAACAACCCAGACATGGGGAAACATCTTCTCTTCACTCTCGTCTCCCTCGCCGCACCTATGCCATACGCCCACGAAATCTTCAAGCAACTCCACAACCCTAACATTTTCACTTGGAACACGATGATTAGAGGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

585 aa · LXL04_018443|LXL04_018443|OH1004|PROTEIN

MLSDYHSPSILKQCIAILHSRATSIPKLKQIHAFSIKHGVPLNNPDMGKHLLFTLVSLAAPMPYAHEIFKQLHNPNIFTWNTMIRGYAESESPKPAMDVHRNMRLSAVEPDTHTYPFLLKAIAKLISVKEGEKVHSIATKNGLGSLVFVQNGLVHMYAVCGRAESAHKLFEEMSDKNLVTWNSVINGYVLNGRPNETLTLYRDMIHEQVEPDGFTLVSLLTACAELGALALGKRVHVYMTKVGLSENPHAANALLDLYSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018443`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018443

位置 Chr04:13034167-13035924 (+)

描述 Similar to PCMP-H28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21065`	含五聚肽重复的蛋白质 At4g21065。	暂无已核实直接文献
`At2g01510`	含五肽重复序列蛋白 At2g01510，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g48910`	含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。	暂无已核实直接文献
`At1g59720`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
`At1g74630`	含五复肽重复的蛋白 At1g74630。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59720

ath:AT1G74630

ath:AT2G01510

ath:AT4G21065

ath:AT5G48910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.670

排名 1 · LXL04_018443 · OH-1004

质体0.187

排名 2 · LXL04_018443 · OH-1004

细胞核0.053

排名 3 · LXL04_018443 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_018443 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_018443 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_275-124 aa

PF13812.13PPR_375-123 aa

PF13041.13PPR_2177-224 aa

PF01535.27PPR179-207 aa

PF13041.13PPR_2250-277 aa

PF01535.27PPR252-277 aa

PF13041.13PPR_2278-325 aa

PF20431.5E_motif396-457 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018443	`PF13041.13`	PPR_2	75	124	1.5e-44	150.6
LXL04_018443	`PF13812.13`	PPR_3	75	123	1.7e-20	73.5
LXL04_018443	`PF13041.13`	PPR_2	177	224	1.5e-44	150.6
LXL04_018443	`PF01535.27`	PPR	179	207	2.4e-39	131.5
LXL04_018443	`PF13041.13`	PPR_2	250	277	1.5e-44	150.6
LXL04_018443	`PF01535.27`	PPR	252	277	2.4e-39	131.5
LXL04_018443	`PF13041.13`	PPR_2	278	325	1.5e-44	150.6
LXL04_018443	`PF20431.5`	E_motif	396	457	1.9e-19	70.4
LXL04_018443	`PF20430.4`	Eplus_motif	462	487	5.3e-06	26.8
LXL04_018443	`PF14432.13`	DYW_deaminase	493	585	3e-41	139.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8MQA3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065	62.027%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZVF4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510, mitochondrial	43.005%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FI80`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48910	39.869%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WQW5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g59720, chloroplastic/mitochondrial	41.821%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CA54`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74630	38.906%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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