LXL04_018416 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018416

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 12597775-12602060 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2871 bp · LXL04_018416|LXL04_018416|OH1004|cDNA

ATGTACGACGTACTTATCCGGTACAACACAACCATCTACAAATGCACATCAACATCCGCTATACAGTTTATCTCGAGAAGAGTCTCCATGTATAGCTTTTCACGGGTACATATAACATACTCCATACAAAAAGACAAACCCCCTAAATTACTATATGTCACTCTCACTTCACGGATTCACCTTCTTCACCATATCTCCCCCTTTCTCTCTGTTACTTCTCCAATGGCGTCTCACTGTCCACTCTCACTCTCACTCACATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2871 bp · LXL04_018416|LXL04_018416|OH1004|CDS

ATGTACGACGTACTTATCCGGTACAACACAACCATCTACAAATGCACATCAACATCCGCTATACAGTTTATCTCGAGAAGAGTCTCCATGTATAGCTTTTCACGGGTACATATAACATACTCCATACAAAAAGACAAACCCCCTAAATTACTATATGTCACTCTCACTTCACGGATTCACCTTCTTCACCATATCTCCCCCTTTCTCTCTGTTACTTCTCCAATGGCGTCTCACTGTCCACTCTCACTCTCACTCACATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

956 aa · LXL04_018416|LXL04_018416|OH1004|PROTEIN

MYDVLIRYNTTIYKCTSTSAIQFISRRVSMYSFSRVHITYSIQKDKPPKLLYVTLTSRIHLLHHISPFLSVTSPMASHCPLSLSLTFLLLFTINASSSPSPSTSSEADILLTFKSAINDPMNYLASWSNTTITHHCNWTGVVCTSTTTAAAAVSSLILQNFNLSGEISPSVCQLANLVTLNLADNFFNQPIPLHISQCSSLNTLNLSSNLIWGTIPDQISQFKSLKFLDLSKNHVEGRIPDGVGSLLNLQVLNFGNNLLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018416`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018416

位置 Chr04:12597775-12602060 (-)

描述 Similar to At5g06940: Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g06940

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06940`	可能失活的富含亮氨酸重复结构受体样蛋白激酶 At5g06940。	暂无已核实直接文献
`At1g28440`	类受体蛋白激酶 HSL1。	暂无已核实直接文献
`At5g65710`	参与控制花器官脱落的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At4g28490`	具有双重特异性激酶活性作用于丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸底物的受体，控制花器官脱落。	暂无已核实直接文献
`At4g28650`	参与调控维管组织发育过程中原形成层的维持和极性。	A receptor heteromer mediates the male perception of female attractants in plants.2016 · DOI: 10.1038/nature16975

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018416 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0010067 procambium histogenesis 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28440

ath:AT4G28490

ath:AT4G28650

ath:AT5G06940

ath:AT5G65710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.862

排名 1 · LXL04_018416 · OH-1004

内质网0.091

排名 2 · LXL04_018416 · OH-1004

细胞质0.064

排名 3 · LXL04_018416 · OH-1004

细胞核0.046

排名 4 · LXL04_018416 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_018416 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_2105-144 aa

PF23598.2LRR_14170-280 aa

PF13855.13LRR_8176-234 aa

PF23598.2LRR_14267-460 aa

PF13855.13LRR_8322-381 aa

PF12799.14LRR_4495-529 aa

PF13855.13LRR_8514-572 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr679-943 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018416	`PF08263.18`	LRRNT_2	105	144	4.9e-12	46.6
LXL04_018416	`PF23598.2`	LRR_14	170	280	6.2e-19	68.7
LXL04_018416	`PF13855.13`	LRR_8	176	234	2.3e-21	76.0
LXL04_018416	`PF23598.2`	LRR_14	267	460	6.2e-19	68.7
LXL04_018416	`PF13855.13`	LRR_8	322	381	2.3e-21	76.0
LXL04_018416	`PF12799.14`	LRR_4	495	529	2.8e-21	75.8
LXL04_018416	`PF13855.13`	LRR_8	514	572	2.3e-21	76.0
LXL04_018416	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	679	943	3.3e-38	132.2
LXL04_018416	`PF00069.32`	Pkinase	682	942	3.5e-38	132.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FL51`	拟南芥	Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g06940	58.768%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SGP2`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HSL1	33.058%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGX3`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase HSL2	32.891%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P47735`	拟南芥	Receptor-like protein kinase 5	34.051%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0G7`	拟南芥	MDIS1-interacting receptor like kinase 1	33.164%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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