LXL04_018391 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018391

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 12444155-12445917 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

873 bp · LXL04_018391|LXL04_018391|OH1004|cDNA

ATGGATAGTCGGAAGAGAGGGTGGCCTGAAGCTAAAGCCAATGGCGGTTTAAAGAAATTCAAGCCAGAATCGAAGTTGGTCGGAAGCAAATCAAAGCCTTGCATGAAGTTTTTCAGCATGGATGGATGTCCATTTGGCGAAAAATGTCACTTCCTTCATTTCTTCCCCGGAGGCTACAATGCGGTGGCACAAATGATGAACCTCCCAcccaccaccaccgccaccaccaaCACCGCCACCGCCCCACCACCAACCGCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · LXL04_018391|LXL04_018391|OH1004|CDS

ATGGATAGTCGGAAGAGAGGGTGGCCTGAAGCTAAAGCCAATGGCGGTTTAAAGAAATTCAAGCCAGAATCGAAGTTGGTCGGAAGCAAATCAAAGCCTTGCATGAAGTTTTTCAGCATGGATGGATGTCCATTTGGCGAAAAATGTCACTTCCTTCATTTCTTCCCCGGAGGCTACAATGCGGTGGCACAAATGATGAACCTCCCACCCACCACCACCGCCACCACCAACACCGCCACCGCCCCACCACCAACCGCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

290 aa · LXL04_018391|LXL04_018391|OH1004|PROTEIN

MDSRKRGWPEAKANGGLKKFKPESKLVGSKSKPCMKFFSMDGCPFGEKCHFLHFFPGGYNAVAQMMNLPPTTTATTNTATAPPPTATKSKLCNKFNTAEGCKFGDKCHFAHGQWEIGKPITAPPPHDDHHHHPRTTLPPTATTRFTAPQQPQPPPVAASFGASATAKISIDASLAGTIIGKGGVNSKQICWKTGAKLSIRDHESDLNLKNIELEGTFDQIKEASAMVRELILSASLDSGGQLVKPPQSGGPMGMGNKKTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018391`
TK1151 ID	TkA08G058390
OH-1004 ID	LXL04_018391
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018391

位置 Chr04:12444155-12445917 (-)

描述 Similar to Os02g0194200: Zinc finger CCCH domain-containing protein 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12130`	含锌指CCCH结构域的蛋白质36。	暂无已核实直接文献
`At5g06770`	含锌指CCCH结构域的蛋白52。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0194200`	含锌指CCCH结构域的蛋白质14。	暂无已核实直接文献
`Os06g0618100`	含锌指CCCH结构域蛋白44。	暂无已核实直接文献
`Os04g0665700`	含锌指CCCH结构域蛋白31。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018391 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0051252 regulation of RNA metabolic process 生物过程

GO:1900057 positive regulation of leaf senescence 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12130

ath:AT5G06770

dosa:Os02g0194200

dosa:Os04g0665700

dosa:Os06g0618100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.790

排名 1 · LXL04_018391 · OH-1004

细胞质0.312

排名 2 · LXL04_018391 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_018391 · OH-1004

内质网0.031

排名 4 · LXL04_018391 · OH-1004

线粒体0.025

排名 5 · LXL04_018391 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642.31zf-CCCH88-113 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L88-111 aa

PF18044.8zf-CCCH_490-111 aa

PF00013.36KH_1165-229 aa

PF16131.12Torus248-281 aa

PF00642.31zf-CCCH257-281 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L258-280 aa

PF18044.8zf-CCCH_4260-280 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018391	`PF00642.31`	zf-CCCH	88	113	8.8e-19	67.7
LXL04_018391	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	88	111	8.5e-12	45.5
LXL04_018391	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	90	111	1e-14	54.6
LXL04_018391	`PF00013.36`	KH_1	165	229	3.6e-11	43.3
LXL04_018391	`PF16131.12`	Torus	248	281	7.2e-09	36.9
LXL04_018391	`PF00642.31`	zf-CCCH	257	281	8.8e-19	67.7
LXL04_018391	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	258	280	8.5e-12	45.5
LXL04_018391	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	260	280	1e-14	54.6
LXL04_018391	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	262	280	4.5e-13	49.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7C3`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 36	46.602%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FG30`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 52	43.234%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7F8R0`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 14	57.878%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69XQ3`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 44	54.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XPK1`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 31	52.922%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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