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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_018381
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 12294291-12298661 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2283 bp · LXL04_018381|LXL04_018381|OH1004|cDNA

ATGTTTAATCTCGTCGGCAGAAACTTGACAATTTCTGTATTCAAAACATCATCGGTTCATAGATTATTACCTCGCACATCATATTCGTCACAAGCAGCATCAGATAACTCAATCACAGTTTCCTACCTCATAAACTCATGCGGATTCCCTCCCGACAAGGTGATTTCAGCTTCCAAATCCTTAAACATCACCACCCCAGATCGAGCAGACTCTGTGATATCATTTTTCAAGAATCAAGGATTCACACAAACCCAAATCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2283 bp · LXL04_018381|LXL04_018381|OH1004|CDS

ATGTTTAATCTCGTCGGCAGAAACTTGACAATTTCTGTATTCAAAACATCATCGGTTCATAGATTATTACCTCGCACATCATATTCGTCACAAGCAGCATCAGATAACTCAATCACAGTTTCCTACCTCATAAACTCATGCGGATTCCCTCCCGACAAGGTGATTTCAGCTTCCAAATCCTTAAACATCACCACCCCAGATCGAGCAGACTCTGTGATATCATTTTTCAAGAATCAAGGATTCACACAAACCCAAATCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

760 aa · LXL04_018381|LXL04_018381|OH1004|PROTEIN

MFNLVGRNLTISVFKTSSVHRLLPRTSYSSQAASDNSITVSYLINSCGFPPDKVISASKSLNITTPDRADSVISFFKNQGFTQTQISHLVRKFPMALEFNPQTHFLPKFEFLRSVGLSDSDIVKLLIARPKSLRTSLKNHIQPTFTLLTDLLQSNEKTLTAIRTCPWVLDRNFQSIVIPNMQTLRDIGFPGSKMLYVLTHHPRDISITTEQFKKAVEEAVKMGFDPLKSNFMLAVHTLRSISKSTLWKKMENYEKWGLSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_018381
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_018381
位置Chr04:12294291-12298661 (+)
描述Similar to MTERF8: Transcription termination factor MTERF8, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g54180 在叶绿体中具有转录活性的转录终止因子。 暂无已核实直接文献
At5g55580 质体转录物处理和稳态水平所需的转录终止因子。
Mutations in the plant-conserved MTERF9 alter chloroplast gene expression, development and tolerance to abiotic stress in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12307
At4g38160 对叶绿体发育必需的转录终止因子。 暂无已核实直接文献
At2g03050 质体中质体特异性 rRNA 积累和蛋白质合成所需的转录终止因子。
A mutation in the Arabidopsis mTERF-related plastid protein SOLDAT10 activates retrograde signaling and suppresses (1)O(2)-induced cell death.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03965.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018381 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006393 termination of mitochondrial transcription 生物过程
GO:0008033 tRNA processing 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010343 singlet oxygen-mediated programmed cell death 生物过程
GO:0015979 photosynthesis 生物过程
GO:0032502 developmental process 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048367 shoot system development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G03050
ath:AT4G38160
ath:AT5G54180
ath:AT5G55580
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.610
排名 1 · LXL04_018381 · OH-1004
质体0.282
排名 2 · LXL04_018381 · OH-1004
细胞质0.077
排名 3 · LXL04_018381 · OH-1004
细胞核0.033
排名 4 · LXL04_018381 · OH-1004
过氧化物酶体0.012
排名 5 · LXL04_018381 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02536.20mTERF73-221 aa
PF02536.20mTERF240-349 aa
PF02536.20mTERF459-667 aa
PF02536.20mTERF625-734 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_018381PF02536.20mTERF732217.3e-63213.1
LXL04_018381PF02536.20mTERF2403497.3e-63213.1
LXL04_018381PF02536.20mTERF4596677.3e-63213.1
LXL04_018381PF02536.20mTERF6257347.3e-63213.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FK23拟南芥Transcription termination factor MTERF8, chloroplastic19.565%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FM80拟南芥Transcription termination factor MTERF9, chloroplastic29.323%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SZL6拟南芥Transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial24.699%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q84X53拟南芥Transcription termination factor MTEF1, chloroplastic28.467%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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