LXL04_018133 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018133

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 7130880-7140475 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3558 bp · LXL04_018133|LXL04_018133|OH1004|cDNA

ATGGCGATGTTGCTGAAATTGTTTTATAAGAAGCCGCCTGAAGGACTTTTCGATGTTTGTGAAAGAATATACGTCTTTGACTCCTGTTTCAGAATTAAAACTTGGGAACAAGAAGAATACAACACCTACGTGGGCAAGATCATAAGTAAATTTAAGAAAACTTATCCTAAATCTTCAGAAATGGTATTCAATTTTCGGGAGGGAGATACGGCAAGCAAGATCCACCAACTTTTATTACCATACCATATTACTATAATAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3558 bp · LXL04_018133|LXL04_018133|OH1004|CDS

ATGGCGATGTTGCTGAAATTGTTTTATAAGAAGCCGCCTGAAGGACTTTTCGATGTTTGTGAAAGAATATACGTCTTTGACTCCTGTTTCAGAATTAAAACTTGGGAACAAGAAGAATACAACACCTACGTGGGCAAGATCATAAGTAAATTTAAGAAAACTTATCCTAAATCTTCAGAAATGGTATTCAATTTTCGGGAGGGAGATACGGCAAGCAAGATCCACCAACTTTTATTACCATACCATATTACTATAATAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1185 aa · LXL04_018133|LXL04_018133|OH1004|PROTEIN

MAMLLKLFYKKPPEGLFDVCERIYVFDSCFRIKTWEQEEYNTYVGKIISKFKKTYPKSSEMVFNFREGDTASKIHQLLLPYHITIIDYPQNYEGCPLLSMEVINHFLKSSENWLSLGQHNVLLMHSELGGWPVLAFMSAALLLYRKHHTSANKALEKVYKQAPPDVLSRLMSPLNSLASQLRYLQYVLKRNDVEQWPPADKPLTLVCVMMRMVPDFDGKGGCCPVFRIYGRDPSLDLDKTPKLLFSTPRCSKNTPYYNQA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018133`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018133

位置 Chr04:7130880-7140475 (+)

描述 Similar to FH17: Formin-like protein 17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25050`	类formin蛋白18。	暂无已核实直接文献
`At5g58160`	类formin蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At3g32400`	类 Formin 蛋白 17。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0280200`	Formin 样蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`Os02g0794900`	类Formin蛋白7。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018133 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003779 actin binding 分子功能

GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25050

ath:AT3G32400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.738

排名 1 · LXL04_018133 · OH-1004

细胞核0.190

排名 2 · LXL04_018133 · OH-1004

细胞膜0.182

排名 3 · LXL04_018133 · OH-1004

高尔基体0.056

排名 4 · LXL04_018133 · OH-1004

线粒体0.047

排名 5 · LXL04_018133 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10409.16PTEN_C2199-338 aa

PF02181.29FH2356-729 aa

PF02181.29FH2760-935 aa

PF02181.29FH2972-1151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018133	`PF10409.16`	PTEN_C2	199	338	1e-33	116.6
LXL04_018133	`PF02181.29`	FH2	356	729	5.7e-178	592.4
LXL04_018133	`PF02181.29`	FH2	760	935	5.7e-178	592.4
LXL04_018133	`PF02181.29`	FH2	972	1151	5.7e-178	592.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SK28`	拟南芥	Formin-like protein 18	57.143%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LVN1`	拟南芥	Formin-like protein 13	53.880%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LH02`	拟南芥	Formin-like protein 17	55.172%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6ZCX3`	水稻	Formin-like protein 6	53.037%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K8Z4`	水稻	Formin-like protein 7	52.558%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情