LXL04_018024 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018024

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 5212651-5218110 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2346 bp · LXL04_018024|LXL04_018024|OH1004|cDNA

ATGAGACCGGAGAATCTTCTCCTCCGCCCCACCCACACCCAATACTGCACTCTCGGCTGTCCGATCCTCGACGCCTTCCTCGGCGGCGGAATCCCTTGCAACTCCATCACCGAACTCGTCGCCGAAAGCGGTTCAGGTAAAACCCAACTCTCCCTCCAACTCCTCATCACCGCTCAGCTTCCTCTCCACCTCAAAGGCCTTTCCGCCTCCTCCCTCTATCTCTACTCCGAGTTCCCATTTCCCAACCGCCGTCTAGACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2346 bp · LXL04_018024|LXL04_018024|OH1004|CDS

ATGAGACCGGAGAATCTTCTCCTCCGCCCCACCCACACCCAATACTGCACTCTCGGCTGTCCGATCCTCGACGCCTTCCTCGGCGGCGGAATCCCTTGCAACTCCATCACCGAACTCGTCGCCGAAAGCGGTTCAGGTAAAACCCAACTCTCCCTCCAACTCCTCATCACCGCTCAGCTTCCTCTCCACCTCAAAGGCCTTTCCGCCTCCTCCCTCTATCTCTACTCCGAGTTCCCATTTCCCAACCGCCGTCTAGACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

781 aa · LXL04_018024|LXL04_018024|OH1004|PROTEIN

MRPENLLLRPTHTQYCTLGCPILDAFLGGGIPCNSITELVAESGSGKTQLSLQLLITAQLPLHLKGLSASSLYLYSEFPFPNRRLDQLIESFRSSHPILFASSRDPRDYIFTRNCQTAQDLLDVLLLLESRLEKPKETRLDIKLIVIDSIAALFRSDFDNNAADLMRRSSLFFKISAILKSHARRRGIAIVITNQVVDSMDDNHGSGNVRIGNLESMYTSGRRVLPALGLSWANCVNSRLFMSRHDIIEGVENGVPDSDY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018024`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018024

位置 Chr04:5212651-5218110 (+)

描述 Similar to XRCC3: DNA repair protein XRCC3 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57450`	在体细胞和减数分裂细胞的 DNA 损伤修复中发挥重要作用。	The Arabidopsis homologue of Xrcc3 plays an essential role in meiosis.2004 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600055

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018024 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G57450

bta:768244

hsa:7517

mmu:74335

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.589

排名 1 · LXL04_018024 · OH-1004

细胞核0.422

排名 2 · LXL04_018024 · OH-1004

线粒体0.059

排名 3 · LXL04_018024 · OH-1004

过氧化物酶体0.057

排名 4 · LXL04_018024 · OH-1004

细胞膜0.045

排名 5 · LXL04_018024 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08423.18Rad5117-202 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2296-454 aa

PF22936.2Pol_BBD563-643 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018024	`PF08423.18`	Rad51	17	202	2.3e-23	83.4
LXL04_018024	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	296	454	1.7e-30	106.7
LXL04_018024	`PF22936.2`	Pol_BBD	563	643	2.6e-20	73.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKM5`	拟南芥	DNA repair protein XRCC3 homolog	51.042%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情