LXL04_017998 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017998

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 4814938-4822216 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2865 bp · LXL04_017998|LXL04_017998|OH1004|cDNA

ATGGGTGGTGATAAAGCGCTTAGTCTCGAAGAGATTAAAAACGAGACAGTTGATCTGGAAAAAGTACCAATCGAGGAAGTGTTTGAGCAACTGAAATGTAACCGCGAAGGTCTAAGCTCAGATGAAGGGGCCAGTAGGCTTGAAATTTTCGGCCCGAATAAATTGGAGGAGAAAAGGGAAAGCAAGTTGCTCAAGTTTCTTGGGTTTATGTGGAACCCACTCTCATGGGTCATGGAAGCGGCTGCCATCATGGCCATCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2865 bp · LXL04_017998|LXL04_017998|OH1004|CDS

ATGGGTGGTGATAAAGCGCTTAGTCTCGAAGAGATTAAAAACGAGACAGTTGATCTGGAAAAAGTACCAATCGAGGAAGTGTTTGAGCAACTGAAATGTAACCGCGAAGGTCTAAGCTCAGATGAAGGGGCCAGTAGGCTTGAAATTTTCGGCCCGAATAAATTGGAGGAGAAAAGGGAAAGCAAGTTGCTCAAGTTTCTTGGGTTTATGTGGAACCCACTCTCATGGGTCATGGAAGCGGCTGCCATCATGGCCATCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

954 aa · LXL04_017998|LXL04_017998|OH1004|PROTEIN

MGGDKALSLEEIKNETVDLEKVPIEEVFEQLKCNREGLSSDEGASRLEIFGPNKLEEKRESKLLKFLGFMWNPLSWVMEAAAIMAIALANGGGKPPDWQDFVGIVCLLVINSTISFIEENNAGNAAAALMAGLAPKTKVLRDGRWSEQEASILVPGDIISIKLGDIVPADARLLEGDPLKIDQSALTGESLPVNKNPYDEVFSGSTCKQGEIEAVVIATGVHTFFGKAAHLVDSTNQVGHFQKVLTAIGNFCICSIAVGM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017998`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017998

位置 Chr04:4814938-4822216 (-)

描述 Similar to PMA4: Plasma membrane ATPase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30190`	植物和真菌的质膜 H⁺ ATP 酶产生质子梯度，通过 H⁺ 共转运驱动营养物质的主动运输。	Mechanism of proton transport by plant plasma membrane proton ATPases.2003 · DOI: 10.1007/s10265-003-0111-9 The effect of a genetically reduced plasma membrane protonmotive force on vegetative growth of Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.189167 Abscisic acid suppresses hypocotyl elongation by dephosphorylating plasma membrane H(+)-ATPase in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu028 The plasma membrane H(+) -ATPase AHA2 contributes to the root architecture in response to different nitrogen supply.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12305 Phytosulfokine Regulates Growth in Arabidopsis through a Response Module at the Plasma Membrane That Includes CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED CHANNEL17, H+-ATPase, and BAK1.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00306 Direct observation of proton pumping by a eukaryotic P-type ATPase.2016 · DOI: 10.1126/science.aad6429
`At2g24520`	植物和真菌的质膜 H⁺ ATP 酶产生质子梯度，通过 H⁺ 共转运驱动营养物质的主动运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0656100`	植物和真菌的质膜ATP酶是一种氢离子泵。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017998 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0051453 regulation of intracellular pH 生物过程

GO:0120029 proton export across plasma membrane 生物过程

GO:1902600 proton transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008553 P-type proton-exporting transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24520

ath:AT4G30190

dosa:Os04g0656100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.678

排名 1 · LXL04_017998 · OH-1004

内质网0.135

排名 2 · LXL04_017998 · OH-1004

细胞质0.100

排名 3 · LXL04_017998 · OH-1004

溶酶体／液泡0.075

排名 4 · LXL04_017998 · OH-1004

高尔基体0.069

排名 5 · LXL04_017998 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00690.32Cation_ATPase_N21-84 aa

PF00122.26E1-E2_ATPase134-232 aa

PF00702.33Hydrolase328-605 aa

PF13246.13Cation_ATPase376-496 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017998	`PF00690.32`	Cation_ATPase_N	21	84	1.6e-15	57.2
LXL04_017998	`PF00122.26`	E1-E2_ATPase	134	232	7.5e-33	113.1
LXL04_017998	`PF00702.33`	Hydrolase	328	605	2.5e-15	58.1
LXL04_017998	`PF13246.13`	Cation_ATPase	376	496	1.9e-07	31.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P19456`	拟南芥	ATPase 2, plasma membrane-type	87.012%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJB3`	拟南芥	ATPase 5, plasma membrane-type	84.144%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XPY2`	水稻	Plasma membrane ATPase	88.285%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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