LXL04_017990 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017990

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 4704087-4705316 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1230 bp · LXL04_017990|LXL04_017990|OH1004|cDNA

ATGGGCTACAAATCCCCATGGCATCCAACTCCATTGATGCTCTTCCTTGTATCCACAACCCCCTCCGTAACCACCTCGTCGTTTGCCAGTCCTCCGCCACCGCTAACGCCTCCGCCGagatcaccaccaccaccaaacTCAACGGTCAAGCCAAGCATGACGATCATTATCGGTCTTCTCACCACCATATTCTCCATCACTTTTCTTATACTCCTATACGCCAAACACTGCCGTCGGTCGCATAATGCGTACCAGCCGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1230 bp · LXL04_017990|LXL04_017990|OH1004|CDS

ATGGGCTACAAATCCCCATGGCATCCAACTCCATTGATGCTCTTCCTTGTATCCACAACCCCCTCCGTAACCACCTCGTCGTTTGCCAGTCCTCCGCCACCGCTAACGCCTCCGCCGAGATCACCACCACCACCAAACTCAACGGTCAAGCCAAGCATGACGATCATTATCGGTCTTCTCACCACCATATTCTCCATCACTTTTCTTATACTCCTATACGCCAAACACTGCCGTCGGTCGCATAATGCGTACCAGCCGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

409 aa · LXL04_017990|LXL04_017990|OH1004|PROTEIN

MGYKSPWHPTPLMLFLVSTTPSVTTSSFASPPPPLTPPPRSPPPPNSTVKPSMTIIIGLLTTIFSITFLILLYAKHCRRSHNAYQPGGEIMAVRSTDRENSGIDRTIIESLPVFRFGSLSGQKDGLECAVCLSRFDPTEVLRLLPKCKHAFHVECVDTWLDAHSTCPLCRYRVDPEDIFLVLGENEYSRDIERLPEVKAEEEKESEIAVRRVSGRHSSAGEKGTGLQISVEPSSPLPAAVAGSRRSLDSSNAKKKTTRKT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017990`
TK1151 ID	TkA08G034880
OH-1004 ID	LXL04_017990
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.066 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017990

位置 Chr04:4704087-4705316 (-)

描述 Similar to ATL43: RING-H2 finger protein ATL43

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g05810`	RING-H2 指蛋白 ATL43。	暂无已核实直接文献
`At2g20030`	推测的RING-H2指蛋白ATL12。	暂无已核实直接文献
`At4g28890`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At4g40070`	RING-H2指蛋白ATL32。	暂无已核实直接文献
`At3g05200`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017990 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20030

ath:AT3G05200

ath:AT4G28890

ath:AT4G40070

ath:AT5G05810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.545

排名 1 · LXL04_017990 · OH-1004

细胞核0.317

排名 2 · LXL04_017990 · OH-1004

细胞质0.210

排名 3 · LXL04_017990 · OH-1004

内质网0.100

排名 4 · LXL04_017990 · OH-1004

高尔基体0.040

排名 5 · LXL04_017990 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2127-170 aa

PF17123.12zf-RING_11127-156 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2127-169 aa

PF00097.32zf-C3HC4128-169 aa

PF12678.14zf-rbx1140-170 aa

PF12861.14zf-ANAPC11143-172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017990	`PF13639.13`	zf-RING_2	127	170	5.5e-14	52.9
LXL04_017990	`PF17123.12`	zf-RING_11	127	156	6e-10	39.4
LXL04_017990	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	127	169	7e-08	32.9
LXL04_017990	`PF00097.32`	zf-C3HC4	128	169	1.3e-06	28.9
LXL04_017990	`PF12678.14`	zf-rbx1	140	170	1.8e-08	35.2
LXL04_017990	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	143	172	7.5e-06	26.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5EAE9`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL43	48.413%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SL78`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL12	34.530%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5XF85`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL42	34.259%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W571`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL32	40.146%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RXX9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL6	32.317%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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