LXL04_017727 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017727

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 408868-414287 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2364 bp · LXL04_017727|LXL04_017727|OH1004|cDNA

ATGGAAAAGTTACATAATGTTGTGAACATAGAAAGAACTATGGAGAAAAGAGTCCCGATCTCACCATCAAACACCTCAAGATCCATTGATAAGACAGCAAGAGAAATCCGAGCAGGAGAAGTACAATCAAATGGTAAACATGATAGAGAAAAAGGTGTTAATGTTCAAGTCATTGTCCGATGCAGACCATTGAGTAATGATGAAACGAAAGCACACACTCCAGTAGTTATCACATGTACTGAAAACAAGAAAGAGGTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2364 bp · LXL04_017727|LXL04_017727|OH1004|CDS

ATGGAAAAGTTACATAATGTTGTGAACATAGAAAGAACTATGGAGAAAAGAGTCCCGATCTCACCATCAAACACCTCAAGATCCATTGATAAGACAGCAAGAGAAATCCGAGCAGGAGAAGTACAATCAAATGGTAAACATGATAGAGAAAAAGGTGTTAATGTTCAAGTCATTGTCCGATGCAGACCATTGAGTAATGATGAAACGAAAGCACACACTCCAGTAGTTATCACATGTACTGAAAACAAGAAAGAGGTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

787 aa · LXL04_017727|LXL04_017727|OH1004|PROTEIN

MEKLHNVVNIERTMEKRVPISPSNTSRSIDKTAREIRAGEVQSNGKHDREKGVNVQVIVRCRPLSNDETKAHTPVVITCTENKKEVSVFQNIASKQIDRSFVFDKVFGPNTQQRDLYHAAVSPIVFEVLEGYNCTIFAYGQTGTGKTYTMEGGGRKKNGEFPSDAGVIPRAVGQIFDTLEALNAEYDIKVTFLELYNEEIIDLLVVEETSKSPYKPIALMEDGKGGVFIRGLEEEIVSTADEIYKILEKGSAKRRTAETL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017727`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017727

位置 Chr04:408868-414287 (-)

描述 Similar to KIN5D: Kinesin-like protein KIN-5D

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45850`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`At2g28620`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0117798`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献
`Os08g0558400`	负责微管的转运。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017727 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051231 spindle elongation 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005876 spindle microtubule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28620

dosa:Os05g0117798

nta:107774014

osa:9268593

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.647

排名 1 · LXL04_017727 · OH-1004

细胞核0.284

排名 2 · LXL04_017727 · OH-1004

细胞膜0.182

排名 3 · LXL04_017727 · OH-1004

高尔基体0.054

排名 4 · LXL04_017727 · OH-1004

线粒体0.050

排名 5 · LXL04_017727 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796.12Microtub_bd54-204 aa

PF00225.30Kinesin60-392 aa

PF00069.32Pkinase498-766 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr499-769 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017727	`PF16796.12`	Microtub_bd	54	204	3.1e-26	92.9
LXL04_017727	`PF00225.30`	Kinesin	60	392	2.7e-112	375.7
LXL04_017727	`PF00069.32`	Pkinase	498	766	7.1e-41	141.0
LXL04_017727	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	499	769	5.1e-44	151.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZU5`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-5D	76.854%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IIS5`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-5A	75.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5W7C6`	水稻	Kinesin-like protein KIN-5A	69.130%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B7EJ91`	水稻	Kinesin-like protein KIN-5C	70.290%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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