基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_017580
当前版本: OH-1004
染色体: Chr03
坐标: 153967361-153969479
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA591 bp · LXL04_017580|LXL04_017580|OH1004|cDNA
ATGAAATTCCAGCAAGAAGGGAGACACGAAGGTGGTGACATGTGCAGAATCATGAACTTCGTTGAGCCGCTCCCCGCCCTATCAACAATGTCTACCGGAAAAGTTGATGCTAACGGCGACTGCGAGGAGCTCTATCCTCCGATCAACTTCTCCATGGTCGATTACGGCATCTACCGCTCCAGTTTCCCGGATTCCGCCAACTTCTCGTTCCTTAAATCGCTTGAACTTCGCTCAATCGTATATTTGTGTCCTGAGGCATA...
CDS
下载 CDS FASTA591 bp · LXL04_017580|LXL04_017580|OH1004|CDS
ATGAAATTCCAGCAAGAAGGGAGACACGAAGGTGGTGACATGTGCAGAATCATGAACTTCGTTGAGCCGCTCCCCGCCCTATCAACAATGTCTACCGGAAAAGTTGATGCTAACGGCGACTGCGAGGAGCTCTATCCTCCGATCAACTTCTCCATGGTCGATTACGGCATCTACCGCTCCAGTTTCCCGGATTCCGCCAACTTCTCGTTCCTTAAATCGCTTGAACTTCGCTCAATCGTATATTTGTGTCCTGAGGCATA...
196 aa · LXL04_017580|LXL04_017580|OH1004|PROTEIN
MKFQQEGRHEGGDMCRIMNFVEPLPALSTMSTGKVDANGDCEELYPPINFSMVDYGIYRSSFPDSANFSFLKSLELRSIVYLCPEAYPEHNLEFLKSNRIQLFHFGIEGTKESFYNIPEDTIREALKVVLDVRNHPLLIHCKRGKHRTGCLVGCLRKMQRWSLLSIFDEYHRFAAAKARVSDQRFMELFDASSLKW
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_017580 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_017580 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:153967361-153969479 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to DSP1: Tyrosine-protein phosphatase DSP1 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006952 defense response 生物过程 GO:1900150 regulation of defense response to fungus 生物过程 GO:1900424 regulation of defense response to bacterium 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0016791 phosphatase activity 分子功能 GO:0042802 identical protein binding 分子功能 GO:0052845 inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity 分子功能 GO:0052847 inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity 分子功能 GO:0052848 inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity 分子功能 GO:0106211 inositol-5-diphosphate-1,3,4,6-tetrakisphosphate diphosphatase activity 分子功能 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G05000 ath:AT2G32960 ath:AT4G03960 dosa:Os02g0771400 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.550
细胞核0.386
质体0.113
细胞膜0.071
内质网0.057
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF03162.19Y_phosphatase246-193 aaPF22741.2PTP-NADK119-165 aaPF13350.12Y_phosphatase3119-175 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_017580 | PF03162.19 | Y_phosphatase2 | 46 | 193 | 2e-61 | 207.1 |
| LXL04_017580 | PF22741.2 | PTP-NADK | 119 | 165 | 2.2e-07 | 31.2 |
| LXL04_017580 | PF13350.12 | Y_phosphatase3 | 119 | 175 | 1.1e-06 | 29.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9ZVN4 | 拟南芥 | Inositol diphosphatase DSP1 | 66.667% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q940L5 | 拟南芥 | Inositol diphosphatase DSP4 | 68.485% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q84MD6 | 拟南芥 | Inositol diphosphatase DSP2 | 51.931% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q6K461 | 水稻 | Inositol diphosphatase DSP1 | 74.342% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q0DX67 | 水稻 | Inositol diphosphatase DSP2 | 70.199% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |