LXL04_017463 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017463

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 149740207-149744403 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2016 bp · LXL04_017463|LXL04_017463|OH1004|cDNA

ATGAAGGCTGAGATGGATGAAGAAGTGTTGGATAAAGCagtatatttatatttaaagaaaaaagGATTCACTCAAACTGAACAGATTTTTCAACAAGAACAGCAAAACAAGACCAACAAGAACTCCAGCTCATCTACTGATGTTTCCCTTTCAGATCCAGATCTTGCTAAACAAATTCTCGCCTTTTCCCAGTCAGAAAGTATCCCAACACTGTACCATGATGGATACAGCAAGCTGAGATCTTGGACTTATAGCTCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2016 bp · LXL04_017463|LXL04_017463|OH1004|CDS

ATGAAGGCTGAGATGGATGAAGAAGTGTTGGATAAAGCAGTATATTTATATTTAAAGAAAAAAGGATTCACTCAAACTGAACAGATTTTTCAACAAGAACAGCAAAACAAGACCAACAAGAACTCCAGCTCATCTACTGATGTTTCCCTTTCAGATCCAGATCTTGCTAAACAAATTCTCGCCTTTTCCCAGTCAGAAAGTATCCCAACACTGTACCATGATGGATACAGCAAGCTGAGATCTTGGACTTATAGCTCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

671 aa · LXL04_017463|LXL04_017463|OH1004|PROTEIN

MKAEMDEEVLDKAVYLYLKKKGFTQTEQIFQQEQQNKTNKNSSSSTDVSLSDPDLAKQILAFSQSESIPTLYHDGYSKLRSWTYSSLDLYKHELLRVLYPVFIHCFMDLIAKGHLQEARAFFNTFREDHEMMHSRDLTKLEGVLSPSHLEEMEFAHTLRQSKVNIKICQYSYDLLLQYLHKTQSITMLGIINEHIDFQVSPGQPSSISDDAEAFSLVGSGQDAANLINQKEIHWGLLEDSLEDRLDKSGGLLSDSEKTEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017463`
TK1151 ID	TkA02G042440
OH-1004 ID	LXL04_017463
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017463

位置 Chr03:149740207-149744403 (+)

描述 Similar to TAF5: Transcription initiation factor TFIID subunit 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25150`	TAF 是转录因子 IID (TFIID) 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000124 SAGA complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005669 transcription factor TFIID complex 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0046695 SLIK (SAGA-like) complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G25150

sce:YBR198C

spo:2539353

spo:2539882

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.613

排名 1 · LXL04_017463 · OH-1004

细胞质0.337

排名 2 · LXL04_017463 · OH-1004

溶酶体／液泡0.081

排名 3 · LXL04_017463 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 4 · LXL04_017463 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 5 · LXL04_017463 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04494.21TFIID_NTD269-195 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz347-539 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd347-468 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5353-465 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1354-492 aa

PF00400.39WD40413-448 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st413-450 aa

PF25391.2WD40_Gbeta413-492 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017463	`PF04494.21`	TFIID_NTD2	69	195	2.1e-44	151.7
LXL04_017463	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	347	539	1.7e-61	208.8
LXL04_017463	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	347	468	7.8e-29	101.3
LXL04_017463	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	353	465	1.3e-77	261.6
LXL04_017463	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	354	492	2.9e-34	119.4
LXL04_017463	`PF00400.39`	WD40	413	448	5e-64	210.8
LXL04_017463	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	413	450	8.9e-41	140.7
LXL04_017463	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	413	492	3.1e-31	109.3
LXL04_017463	`PF24814.2`	WD40_Prp19	414	567	1.5e-66	225.0
LXL04_017463	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	414	532	1.1e-39	137.2
LXL04_017463	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	415	491	3.6e-86	289.2
LXL04_017463	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	415	493	4.2e-15	56.4
LXL04_017463	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	416	522	1.4e-49	169.6
LXL04_017463	`PF24805.2`	EIF3I	416	492	1e-28	101.2
LXL04_017463	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	416	484	5.7e-28	98.9
LXL04_017463	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	417	490	6.1e-54	183.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6S7B0`	拟南芥	Transcription initiation factor TFIID subunit 5	72.305%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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