LXL04_017447 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017447

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 149510188-149512860 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1176 bp · LXL04_017447|LXL04_017447|OH1004|cDNA

ATGAGTTCGATGGCTGCTCTAAGTTCAATATTCATCCATGGAGGGTGCTTTTCTAGGTTTCAGGATGAATCCAAATCTCTAAAAATGAGGAAAATGGCCACAAGGTTCTCAGTGGTATCATCAGCTCAGAAATCAAATAAGTCCATTAAAGTTGGTATTCTTGGAGCTAGTGGTTATACTGGTGCAGAGCTTATTAGATTCCTTGCAAACCATCCTTACTTTGACATTTCACTAATGACTGCTGATAGAAAAGCCGGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1176 bp · LXL04_017447|LXL04_017447|OH1004|CDS

ATGAGTTCGATGGCTGCTCTAAGTTCAATATTCATCCATGGAGGGTGCTTTTCTAGGTTTCAGGATGAATCCAAATCTCTAAAAATGAGGAAAATGGCCACAAGGTTCTCAGTGGTATCATCAGCTCAGAAATCAAATAAGTCCATTAAAGTTGGTATTCTTGGAGCTAGTGGTTATACTGGTGCAGAGCTTATTAGATTCCTTGCAAACCATCCTTACTTTGACATTTCACTAATGACTGCTGATAGAAAAGCCGGTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

391 aa · LXL04_017447|LXL04_017447|OH1004|PROTEIN

MSSMAALSSIFIHGGCFSRFQDESKSLKMRKMATRFSVVSSAQKSNKSIKVGILGASGYTGAELIRFLANHPYFDISLMTADRKAGQSIGSVFPHLITQNLPDLVAVKDADFSSVDAVFCCLPHGTTQEIIKGLPSSLKIVDLSADFRLRDINDYAEWYGQPHKATELQKEAVYGLTEIYRNKIQNARLVANPGCYPTTVLLPLVPLMKANLITYENIVIVSNSGVSGAGRSAKEANLYTEISEGIFSYGITRHRHVPEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017447`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017447

位置 Chr03:149510188-149512860 (-)

描述 Similar to At2g19940: Probable N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19940`	可能的N-乙酰-γ-谷氨酰-磷酸还原酶，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0617900`	可能的N-乙酰-γ-谷氨酰-磷酸还原酶，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017447 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006526 L-arginine biosynthetic process 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003942 N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity 分子功能

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0051287 NAD binding 分子功能

GO:0070401 NADP+ binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19940

dosa:Os03g0617900

oca:OCAR_6010

ocg:OCA5_c20150

rcp:RCAP_rcc00553

rru:Rru_A2421

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.958

排名 1 · LXL04_017447 · OH-1004

线粒体0.083

排名 2 · LXL04_017447 · OH-1004

细胞质0.053

排名 3 · LXL04_017447 · OH-1004

过氧化物酶体0.035

排名 4 · LXL04_017447 · OH-1004

细胞核0.019

排名 5 · LXL04_017447 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01118.31Semialdhyde_dh50-187 aa

PF22698.2Semialdhyde_dhC_1195-359 aa

PF02774.24Semialdhyde_dhC204-362 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017447	`PF01118.31`	Semialdhyde_dh	50	187	2.9e-29	102.6
LXL04_017447	`PF22698.2`	Semialdhyde_dhC_1	195	359	8e-57	192.4
LXL04_017447	`PF02774.24`	Semialdhyde_dhC	204	362	5.7e-21	76.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z70`	拟南芥	Probable N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, chloroplastic	67.488%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6AV34`	水稻	Probable N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, chloroplastic	72.727%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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