LXL04_017386 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017386

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 148037098-148038437 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1065 bp · LXL04_017386|LXL04_017386|OH1004|cDNA

CACTGGTTCTATAATTCTATAAGGCAACGGGAAGAGGGTTTTACAGAGAACCAGGGTTTTCAAACCCTAGAGAGAGAGCGATACAAAAGAGGGAACGAAATGGAAGGAGCTTCATACCAGAGGTTCCCCAAGGTCAAAATCCGTGAACTTAAAGATGACTACGCCAAATTTGAGCTCAGAGAAACCGACGCCAGCATGGCCAATGCACTCCGTCGCGTCATGATAGCCGAGGTTCCGACCATCGCCATCGATCTCGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

966 bp · LXL04_017386|LXL04_017386|OH1004|CDS

ATGGAAGGAGCTTCATACCAGAGGTTCCCCAAGGTCAAAATCCGTGAACTTAAAGATGACTACGCCAAATTTGAGCTCAGAGAAACCGACGCCAGCATGGCCAATGCACTCCGTCGCGTCATGATAGCCGAGGTTCCGACCATCGCCATCGATCTCGTCGAAATCGAAGTCAACTCATCTGTTCTCGGAGACGAGTTCATTGCACATCGTCTTGGCCTTATTCCTCTCACTAGCGAGCGTGCCATGAGCATGCGCTTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

321 aa · LXL04_017386|LXL04_017386|OH1004|PROTEIN

MEGASYQRFPKVKIRELKDDYAKFELRETDASMANALRRVMIAEVPTIAIDLVEIEVNSSVLGDEFIAHRLGLIPLTSERAMSMRFSRDCDACDGDGQCEFCSVEFHLRAKCINDQTLDVTSKDLYSSDHTVVPVDFSDSSSGFENPEDQRGITIVKLRKGQELRLRAIARKGIGKDHAKWSPAATVTFMYEPEIHINEEMMETLSLEEKTSVVESSPTKVFGINPHTQQVEVVDPEAYTYDDEVLKKVEAMGKPGLVEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017386`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017386

位置 Chr03:148037098-148038437 (+)

描述 Similar to NRPB3: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g15430`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献
`At2g15400`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017386 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0010374 stomatal complex development 生物过程

GO:0010375 stomatal complex patterning 生物过程

GO:0000418 RNA polymerase IV complex 细胞组分

GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005665 RNA polymerase II, core complex 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G15400

ath:AT2G15430

bta:504452

ddi:DDB_G0292244

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.686

排名 1 · LXL04_017386 · OH-1004

细胞质0.449

排名 2 · LXL04_017386 · OH-1004

细胞膜0.045

排名 3 · LXL04_017386 · OH-1004

内质网0.034

排名 4 · LXL04_017386 · OH-1004

线粒体0.034

排名 5 · LXL04_017386 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01193.30RNA_pol_L23-294 aa

PF01000.32RNA_pol_A_bac55-180 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017386	`PF01193.30`	RNA_pol_L	23	294	9.1e-21	74.1
LXL04_017386	`PF01000.32`	RNA_pol_A_bac	55	180	2.9e-21	76.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39211`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 3	82.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39212`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 3B	76.562%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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