LXL04_017384 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017384

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 147989660-147992943 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1170 bp · LXL04_017384|LXL04_017384|OH1004|cDNA

ATGATGCCATCAAGCGACCGTATGAGCTTAACGGTGTCGGATCCTCCTCCTCAGCAAAAAGGCAGCGCCGGCGAACAGAGGCTCTTCAAAGGATCCACTATGACCTCTCGCGGTGCTTATGCTGCCGTCTCTTACATGTCTTGCGCTGTAGCTTGCTTTACTATGGGAAAAGATGAGACGTTGATTAGTGAGGCATTAAGGAAGATGAAGGGCAAACTTTCTGAAATTGCAGGCTCCCATGTTTCTTGCCGTGTACTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1170 bp · LXL04_017384|LXL04_017384|OH1004|CDS

ATGATGCCATCAAGCGACCGTATGAGCTTAACGGTGTCGGATCCTCCTCCTCAGCAAAAAGGCAGCGCCGGCGAACAGAGGCTCTTCAAAGGATCCACTATGACCTCTCGCGGTGCTTATGCTGCCGTCTCTTACATGTCTTGCGCTGTAGCTTGCTTTACTATGGGAAAAGATGAGACGTTGATTAGTGAGGCATTAAGGAAGATGAAGGGCAAACTTTCTGAAATTGCAGGCTCCCATGTTTCTTGCCGTGTACTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

389 aa · LXL04_017384|LXL04_017384|OH1004|PROTEIN

MMPSSDRMSLTVSDPPPQQKGSAGEQRLFKGSTMTSRGAYAAVSYMSCAVACFTMGKDETLISEALRKMKGKLSEIAGSHVSCRVLQVIIKTYAIHLITKMLDNASKEQLAEFISSLHGHVASLLRHMVGSVVVEHVYQLGNATQKQSLLMKNVDIITKLNLQKSYLLLIRHVWIQTCAADVIQHLSSALLVRMIHTKDRANIGIQCIKHGSAQERKKITKGMKGHVSKIAQDRYGSMMIIRELQGVLTELILDKNGRRP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017384`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017384

位置 Chr03:147989660-147992943 (-)

描述 Similar to APUM24: Pumilio homolog 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16810`	通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g06870`	从叶绿体蛋白中切割类囊体转运结构域。	暂无已核实直接文献
`At2g30440`	从叶绿体蛋白中切割类囊体转运结构域。	暂无已核实直接文献
`At3g24590`	参与质体蛋白转运通道的成熟。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017384 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006465 signal peptide processing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010835 regulation of protein ADP-ribosylation 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06870

ath:AT2G30440

ath:AT3G16810

ath:AT3G24590

rno:499339

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.358

排名 1 · LXL04_017384 · OH-1004

细胞质0.343

排名 2 · LXL04_017384 · OH-1004

内质网0.133

排名 3 · LXL04_017384 · OH-1004

线粒体0.116

排名 4 · LXL04_017384 · OH-1004

细胞膜0.082

排名 5 · LXL04_017384 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10502.15Peptidase_S26312-363 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017384	`PF10502.15`	Peptidase_S26	312	363	1.7e-10	41.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRZ3`	拟南芥	Pumilio homolog 24	46.273%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M9Z2`	拟南芥	Probable thylakoidal processing peptidase 2, chloroplastic	51.220%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O04348`	拟南芥	Thylakoidal processing peptidase 1, chloroplastic	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H0W1`	拟南芥	Chloroplast processing peptidase	45.614%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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