LXL04_017303 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017303

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 145957006-145961049 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1149 bp · LXL04_017303|LXL04_017303|OH1004|cDNA

ATGCGTGGTTTAGCAGCTAGATTCAGCTCCTATTTGTGCAGAAGAAGACCAGTGAATGTTCGATCACGCCAGTATTCGTCATCATATGAAAGAGGGTTTCCAGATGAACGAGATATTGAAGAGGAAGCCGAAAGAAAATTCGGATGGCTCTTTAAACTCCTCTTTGTTGGAACTGTAACAATCGGGAGAATGTTTCAAGACTATCACCAACCACTGTCTTTCAAAGTGCAACTTCAGTACAGATGGATGACCAAGGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · LXL04_017303|LXL04_017303|OH1004|CDS

ATGCGTGGTTTAGCAGCTAGATTCAGCTCCTATTTGTGCAGAAGAAGACCAGTGAATGTTCGATCACGCCAGTATTCGTCATCATATGAAAGAGGGTTTCCAGATGAACGAGATATTGAAGAGGAAGCCGAAAGAAAATTCGGATGGCTCTTTAAACTCCTCTTTGTTGGAACTGTAACAATCGGGAGAATGTTTCAAGACTATCACCAACCACTGTCTTTCAAAGTGCAACTTCAGTACAGATGGATGACCAAGGTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

382 aa · LXL04_017303|LXL04_017303|OH1004|PROTEIN

MRGLAARFSSYLCRRRPVNVRSRQYSSSYERGFPDERDIEEEAERKFGWLFKLLFVGTVTIGRMFQDYHQPLSFKVQLQYRWMTKVMFVSEKLVIGVGYDCNPMVFAVIGVGLWATSCTLCSETNLLWEVELKLFVYVTMSKRITGGLAFNMNTLDEIQRITVKDLAELGLIKRQQGRKALVICVVEKVPSVPENVTDQIRLWESDLNRVEMTPAHFFDDFPSRDVFEAACDHARDYSCLLWDDSKKMRLVVKTEIYAHM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017303`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017303

位置 Chr03:145957006-145961049 (-)

描述 Similar to TFB2: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17020`	一般转录和DNA修复因子IIH（TFIIH）核心复合体的组分，参与损伤DNA的一般和转录偶联核苷酸切除修复（NER），并在与CAK形成复合物时参与RNA聚合酶II的RNA转录。	暂无已核实直接文献
`At5g67380`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	Cloning and characterization of two cDNAs encoding casein kinase II catalytic subunits in Arabidopsis thaliana.1993 · DOI: 10.1007/bf00019944 Reconstitution of Arabidopsis casein kinase II from recombinant subunits and phosphorylation of transcription factor GBF1.1995 · DOI: 10.1105/tpc.7.1.105
`At3g50000`	酪蛋白激酶通过优先利用酸性蛋白如酪蛋白作为底物来操作定义（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B6F107`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q9AR27`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017303 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009648 photoperiodism 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G50000

ath:AT4G17020

ath:AT5G67380

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.846

排名 1 · LXL04_017303 · OH-1004

细胞质0.104

排名 2 · LXL04_017303 · OH-1004

细胞核0.087

排名 3 · LXL04_017303 · OH-1004

质体0.046

排名 4 · LXL04_017303 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 5 · LXL04_017303 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18307.7Tfb2_C198-263 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017303	`PF18307.7`	Tfb2_C	198	263	4.2e-21	75.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q680U9`	拟南芥	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2	67.949%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q08467`	拟南芥	Casein kinase II subunit alpha-1	49.505%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q08466`	拟南芥	Casein kinase II subunit alpha-2	48.980%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B6F107`	水稻	Casein kinase II subunit alpha-2	46.939%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9AR27`	水稻	Casein kinase II subunit alpha-2	46.939%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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