LXL04_017036 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017036

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 139538377-139545149 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2124 bp · LXL04_017036|LXL04_017036|OH1004|cDNA

ATGCGAGAGACACAAACATCAGGTGGAAGGGCGTCTGAAACCGCCGTCGCCCGTTGCCCGTGGAGAGAACTTGGCCGGAGATGGAGGAGTGCCGGAGAATCAAAGGCGCCGCTCAAACTCTGTTGCTTCTTTCAAACTCCCGCTGCTTCGAGTGATCGACGGAAAATGGGTCATGGGAGTTCCAAATCAAGCTCCTCTGATGACTCCTCAAACGGCGGTGGTTCCAATTCAAAACAACGCGGCTCCCGCCGCGAGAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2124 bp · LXL04_017036|LXL04_017036|OH1004|CDS

ATGCGAGAGACACAAACATCAGGTGGAAGGGCGTCTGAAACCGCCGTCGCCCGTTGCCCGTGGAGAGAACTTGGCCGGAGATGGAGGAGTGCCGGAGAATCAAAGGCGCCGCTCAAACTCTGTTGCTTCTTTCAAACTCCCGCTGCTTCGAGTGATCGACGGAAAATGGGTCATGGGAGTTCCAAATCAAGCTCCTCTGATGACTCCTCAAACGGCGGTGGTTCCAATTCAAAACAACGCGGCTCCCGCCGCGAGAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

707 aa · LXL04_017036|LXL04_017036|OH1004|PROTEIN

MRETQTSGGRASETAVARCPWRELGRRWRSAGESKAPLKLCCFFQTPAASSDRRKMGHGSSKSSSSDDSSNGGGSNSKQRGSRREKIKTKLHLHRRRSHSQLPKLISSEDFAGIALVTLICAEMKFKDKWLACISIGEQTFRTEISDQTNKPTWNSEIKLFLERNGPHVAKISLFETNRLRKNNLIGYCEVDLFEFLTQDSGSDIKVSLMDPSSSSVVVGNISLSCSIEDPTETEKSFARRILSIVDYNGDGKLSFSEFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017036`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017036

位置 Chr03:139538377-139545149 (+)

描述 Similar to PSD2: Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57190`	催化将磷脂酰丝氨酸（PtdSer）转化为磷脂酰乙醇胺（PtdEtn）。	Deficiency in phosphatidylserine decarboxylase activity in the psd1 psd2 psd3 triple mutant of Arabidopsis affects phosphatidylethanolamine accumulation in mitochondria.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.095414
`At4g25970`	催化将磷脂酰丝氨酸（PtdSer）转化为磷脂酰乙醇胺（PtdEtn）。	Deficiency in phosphatidylserine decarboxylase activity in the psd1 psd2 psd3 triple mutant of Arabidopsis affects phosphatidylethanolamine accumulation in mitochondria.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.095414

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0959800`	催化将磷脂酰丝氨酸（PtdSer）转化为磷脂酰乙醇胺（PtdEtn）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017036 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006646 phosphatidylethanolamine biosynthetic process 生物过程

GO:0006656 phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程

GO:0016540 protein autoprocessing 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005795 Golgi stack 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25970

ath:AT5G57190

dosa:Os01g0959800

ppa:PAS_chr3_1127

spo:2543178

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.239

排名 1 · LXL04_017036 · OH-1004

内质网0.229

排名 2 · LXL04_017036 · OH-1004

细胞膜0.200

排名 3 · LXL04_017036 · OH-1004

高尔基体0.159

排名 4 · LXL04_017036 · OH-1004

细胞核0.145

排名 5 · LXL04_017036 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C2134-199 aa

PF13499.13EF-hand_7239-298 aa

PF00036.39EF-hand_1240-263 aa

PF13202.13EF-hand_5278-298 aa

PF02666.21PS_Dcarbxylase474-659 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017036	`PF00168.37`	C2	134	199	2.1e-06	28.6
LXL04_017036	`PF13499.13`	EF-hand_7	239	298	7e-09	36.6
LXL04_017036	`PF00036.39`	EF-hand_1	240	263	1.4e-09	37.5
LXL04_017036	`PF13202.13`	EF-hand_5	278	298	3.8e-10	39.5
LXL04_017036	`PF02666.21`	PS_Dcarbxylase	474	659	1e-58	199.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KAK5`	拟南芥	Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 2	70.978%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A4GNA8`	拟南芥	Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 3	69.952%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JN42`	水稻	Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 2	72.862%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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