LXL04_016938 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016938

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 137289994-137301283 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4388 bp · LXL04_016938|LXL04_016938|OH1004|cDNA

AGGCCCAAATGTTCGTTGCGTAACAGCACTAAGCCACTAATCACGGCGAGTCACTCCGGCGACCCCTTAACTCTCCGACGAGAGCTCTATCACAAACAGACATGGCTCCGAAGAAGAAGCAGCAGCAGCAGCGGAAGTCAGCTTCTTCATCCTCCAAAAGTAAGCCTCAGTCTTCTACGGGTCCCAAACTCCAAATATCGGCAGAGAACGAAAACCGGCTCCGACGGCTTTTACTCAACTCTGGTCGTTCGACGCCTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

4287 bp · LXL04_016938|LXL04_016938|OH1004|CDS

ATGGCTCCGAAGAAGAAGCAGCAGCAGCAGCGGAAGTCAGCTTCTTCATCCTCCAAAAGTAAGCCTCAGTCTTCTACGGGTCCCAAACTCCAAATATCGGCAGAGAACGAAAACCGGCTCCGACGGCTTTTACTCAACTCTGGTCGTTCGACGCCTGCTCCGGTTCATGAAGATTCTAGCCTTACCAAAGCGCAGAAGGCCAAAAAATTATACTCCGTTTACGAGAACCTCTCTTGCGAAGGCTTCACTGATGATCAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1428 aa · LXL04_016938|LXL04_016938|OH1004|PROTEIN

MAPKKKQQQQRKSASSSSKSKPQSSTGPKLQISAENENRLRRLLLNSGRSTPAPVHEDSSLTKAQKAKKLYSVYENLSCEGFTDDQIERALSHLKESATFEAALDWLCLSLSPNELPLKFRSSSAVLPDEGGSVSIISTARDDWTPSEDSSVPTETEMPEISIKVKGQKKVDSLDSFQKSQADWIRQYMEQQEEEEYDSWEDAVVDKVSGPRSYDTLREEYHSARLQAIDAKEKGDKKGQQESGQIIRKLKQELADLGIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016938`
TK1151 ID	TkA02G091360
OH-1004 ID	LXL04_016938
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.511 / OH-1004 14.566 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016938

位置 Chr03:137289994-137301283 (+)

描述 Similar to At1g58060: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH7, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g58060`	DExH-box ATP依赖性RNA解旋酶 DExH7，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At1g58050`	DExH-box ATP依赖的RNA解旋酶 DExH4，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At2g35920`	DExH-盒ATP依赖性RNA解旋酶DExH1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016938 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0045948 positive regulation of translational initiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016282 eukaryotic 43S preinitiation complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能

GO:0004386 helicase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58050

ath:AT1G58060

ath:AT2G35920

hsa:90957

xla:100049090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.495

排名 1 · LXL04_016938 · OH-1004

细胞质0.381

排名 2 · LXL04_016938 · OH-1004

细胞膜0.073

排名 3 · LXL04_016938 · OH-1004

内质网0.061

排名 4 · LXL04_016938 · OH-1004

高尔基体0.055

排名 5 · LXL04_016938 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24899.2UBA_DHX2969-121 aa

PF24385.2DSRM_DHX29383-475 aa

PF00270.36DEAD593-755 aa

PF00271.38Helicase_C870-1002 aa

PF04408.30WHD_HA21067-1095 aa

PF21010.3HA2_C1099-1167 aa

PF07717.23OB_NTP_bind1258-1356 aa

PF26026.1RNA_hel_CTD1365-1421 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016938	`PF24899.2`	UBA_DHX29	69	121	1.4e-16	60.8
LXL04_016938	`PF24385.2`	DSRM_DHX29	383	475	6.2e-06	27.1
LXL04_016938	`PF00270.36`	DEAD	593	755	2e-10	41.4
LXL04_016938	`PF00271.38`	Helicase_C	870	1002	3.7e-13	50.4
LXL04_016938	`PF04408.30`	WHD_HA2	1067	1095	3.6e-07	30.8
LXL04_016938	`PF21010.3`	HA2_C	1099	1167	2.3e-09	38.4
LXL04_016938	`PF07717.23`	OB_NTP_bind	1258	1356	2.7e-21	76.3
LXL04_016938	`PF26026.1`	RNA_hel_CTD	1365	1421	1.6e-15	57.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I9Q5`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH7, chloroplastic	63.705%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6G0`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH4, chloroplastic	57.598%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4ILR7`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH1	40.888%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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