LXL04_016903 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016903

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 136419357-136423565 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1178 bp · LXL04_016903|LXL04_016903|OH1004|cDNA

GTTTCGTGTTCGGTGTTCCCCTCTGCCTTTTTTTTGTCGACTTTTACCTCTCTACTTCATCATCTGAGCCGATAACGAAAGATTATCCCCGAAAAATCGTCATGTCGGAGGTGAACGAGAAGGTTTCTGATGTCAAGCCTACGACCGGCACCGAAGAAAAGACTGCTTCAGCCATGAAGAAAACCTCTGAATCAAGCTCCTCAAATCCCTTATCTGGAACAACACCCACCATACCATCCATACCAGGAGCTGGAATCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · LXL04_016903|LXL04_016903|OH1004|CDS

ATGTCGGAGGTGAACGAGAAGGTTTCTGATGTCAAGCCTACGACCGGCACCGAAGAAAAGACTGCTTCAGCCATGAAGAAAACCTCTGAATCAAGCTCCTCAAATCCCTTATCTGGAACAACACCCACCATACCATCCATACCAGGAGCTGGAATCCCTGCAAATCCATTTGACTTCTCATCAATGGCTGGCCTACTTAATGATCCAAGTGTAAAGGAACTAGCTGAACAAATAGCAAAAGATCCATCATTCAACCAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · LXL04_016903|LXL04_016903|OH1004|PROTEIN

MSEVNEKVSDVKPTTGTEEKTASAMKKTSESSSSNPLSGTTPTIPSIPGAGIPANPFDFSSMAGLLNDPSVKELAEQIAKDPSFNQMAEQLQKTFHGGETGGAGGGVPQFDTQQYYSTMQQVMQNPQFMNMAERLGSALMQDPSMSQMLESLSNPAQKDQLEERMARIKEDPSLKHILDDIETGGPTAMMRYWNDKDVLAKLGEAMGLPVTGDPTAFAGNSGAVEAEEEEVNDDESLVHQTASVGDVEGLKKVLESGGDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016903`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016903

位置 Chr03:136419357-136423565 (+)

描述 Similar to AKR2B: Ankyrin repeat domain-containing protein 2B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17390`	对叶绿体外膜、线粒体外膜、内质网膜和过氧化物酶体蛋白表现出分子伴侣活性，通过招募含单个跨膜结构且与 AKR2A 结合序列（ABS）相关的特定蛋白，并随后结合存在于目标细胞器膜中的糖脂（例如单半乳糖二酰基甘油（MGDG）和磷脂酰甘油（PG））。	暂无已核实直接文献
`At4g35450`	对叶绿体外膜、线粒体外膜、内质网膜和过氧化物酶体蛋白表现出分子伴侣活性，通过招募含单个跨膜结构且与 AKR2A 结合序列（ABS）相关的特定蛋白，并随后结合存在于目标细胞器膜中的糖脂（例如单半乳糖二酰基甘油（MGDG）和磷脂酰甘油（PG））。	An ankyrin repeat-containing protein plays a role in both disease resistance and antioxidation metabolism.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2001.01205.x AKR2A-mediated import of chloroplast outer membrane proteins is essential for chloroplast biogenesis.2008 · DOI: 10.1038/ncb1683 ANKYRIN REPEAT-CONTAINING PROTEIN 2A is an essential molecular chaperone for peroxisomal membrane-bound ASCORBATE PEROXIDASE3 in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.065979

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016903 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17390

ath:AT4G35450

bta:534898

hsa:157567

pon:100173109

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.649

排名 1 · LXL04_016903 · OH-1004

细胞核0.249

排名 2 · LXL04_016903 · OH-1004

过氧化物酶体0.225

排名 3 · LXL04_016903 · OH-1004

线粒体0.136

排名 4 · LXL04_016903 · OH-1004

高尔基体0.080

排名 5 · LXL04_016903 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17830.7STI1-HOP_DP163-207 aa

PF24521.3Ank_KRIT1233-347 aa

PF12796.14Ank_2239-329 aa

PF13606.13Ank_3266-294 aa

PF00023.37Ank267-298 aa

PF13637.13Ank_4271-320 aa

PF13857.13Ank_5286-340 aa

PF12796.14Ank_2298-353 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016903	`PF17830.7`	STI1-HOP_DP	163	207	2.5e-14	53.6
LXL04_016903	`PF24521.3`	Ank_KRIT1	233	347	4.6e-08	33.6
LXL04_016903	`PF12796.14`	Ank_2	239	329	9.4e-29	100.5
LXL04_016903	`PF13606.13`	Ank_3	266	294	5.2e-13	48.5
LXL04_016903	`PF00023.37`	Ank	267	298	5.4e-19	67.9
LXL04_016903	`PF13637.13`	Ank_4	271	320	9.8e-18	64.6
LXL04_016903	`PF13857.13`	Ank_5	286	340	2.6e-14	53.9
LXL04_016903	`PF12796.14`	Ank_2	298	353	9.4e-29	100.5
LXL04_016903	`PF00023.37`	Ank	299	330	5.4e-19	67.9
LXL04_016903	`PF13606.13`	Ank_3	300	326	5.2e-13	48.5
LXL04_016903	`PF13637.13`	Ank_4	305	352	9.8e-18	64.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q29Q26`	拟南芥	Ankyrin repeat domain-containing protein 2B	66.097%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAR5`	拟南芥	Ankyrin repeat domain-containing protein 2A	62.291%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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