LXL04_016253 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016253

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 116581571-116586002 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2688 bp · LXL04_016253|LXL04_016253|OH1004|cDNA

ATGACTTCATCACTCTCACTAGTCACTCGAGTTCCTCTCCGGCCAACAAACGACTGCTCTCCTACTAATGGGAGCATCGCTCACCGGCGATCCGTCGTGTTTCCTTTCAAGAAATGGAGGTGCTCAATATCTCCCGGCCAGCCGCCTCCGCCTCCCCCAAAACAGCGGCAGCGGCAGTCCAAGAGCTCAGAATCAGGCGAAAAAGGAATCGATCCTGTTGGGTTTCTCTCAAAAGCCGGAATTACACACAAAGGTTTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2688 bp · LXL04_016253|LXL04_016253|OH1004|CDS

ATGACTTCATCACTCTCACTAGTCACTCGAGTTCCTCTCCGGCCAACAAACGACTGCTCTCCTACTAATGGGAGCATCGCTCACCGGCGATCCGTCGTGTTTCCTTTCAAGAAATGGAGGTGCTCAATATCTCCCGGCCAGCCGCCTCCGCCTCCCCCAAAACAGCGGCAGCGGCAGTCCAAGAGCTCAGAATCAGGCGAAAAAGGAATCGATCCTGTTGGGTTTCTCTCAAAAGCCGGAATTACACACAAAGGTTTCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

895 aa · LXL04_016253|LXL04_016253|OH1004|PROTEIN

MTSSLSLVTRVPLRPTNDCSPTNGSIAHRRSVVFPFKKWRCSISPGQPPPPPPKQRQRQSKSSESGEKGIDPVGFLSKAGITHKGFALYLRERYKSYKDLKDEILTRHIDFRDMASGFELLGMHRNVQHRVDFMDWAPGARYSAIVGDFNDWSPTENSAREGHFGHDDYGYWFIILEDKLRDGEHPDELYFQQYNYTDDYDKGDSGVTAEEIFQKANDEYWEPGEDRLVKSRFEIIAKLYEQIFGPNGPQTEDELEEIPD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016253`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016253

位置 Chr03:116581571-116586002 (-)

描述 Similar to SBE3: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme 3, chloroplastic/amyloplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20440`	通过将 1,4-α-连接的寡糖从生长的 α-1,4-葡聚糖链上断裂并随后将寡糖附着到 α-1,6 位，催化淀粉中 α-1,6-糖苷键的形成。	The Arabidopsis BE1 gene, encoding a putative glycoside hydrolase localized in plastids, plays crucial roles during embryogenesis and carbohydrate metabolism.2010 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2010.00930.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016253 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0005978 glycogen biosynthetic process 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003844 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity 分子功能

GO:0004553 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20440

ecb:100034152

fca:493962

mmu:74185

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.895

排名 1 · LXL04_016253 · OH-1004

细胞质0.071

排名 2 · LXL04_016253 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 3 · LXL04_016253 · OH-1004

线粒体0.039

排名 4 · LXL04_016253 · OH-1004

细胞核0.038

排名 5 · LXL04_016253 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02922.25CBM_48121-182 aa

PF00128.32Alpha-amylase424-493 aa

PF02806.25Alpha-amylase_C798-889 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016253	`PF02922.25`	CBM_48	121	182	6.4e-08	33.5
LXL04_016253	`PF00128.32`	Alpha-amylase	424	493	9.3e-10	39.0
LXL04_016253	`PF02806.25`	Alpha-amylase_C	798	889	2e-21	76.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`D2WL32`	拟南芥	1,4-alpha-glucan-branching enzyme 3, chloroplastic/amyloplastic	70.588%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情