基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_016239
当前版本: OH-1004
染色体: Chr03
坐标: 116264397-116266669
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1425 bp · LXL04_016239|LXL04_016239|OH1004|cDNA
ATGGAGGGGCGTCGAAGGGTGATTTGTGGTGCAACTCAAACAATTGGTTTACTTGCATTCATCTACTTGTTTTACACTCAATCTTTTGCATTCAACCCCATGACATTTTGCTTTGGCAAACGAAATTTGTCTAAGTGGAATGCTGCATTAATGGATGAAGTTGGTGTTCGACACGATGACTTTCAACCATCTCTACAATCTCTTGTAGGAGATTATGATCTACGAAAGCTTGAAACGAGTGGGTTTGCTTGTAATGCGAC...
CDS
下载 CDS FASTA1425 bp · LXL04_016239|LXL04_016239|OH1004|CDS
ATGGAGGGGCGTCGAAGGGTGATTTGTGGTGCAACTCAAACAATTGGTTTACTTGCATTCATCTACTTGTTTTACACTCAATCTTTTGCATTCAACCCCATGACATTTTGCTTTGGCAAACGAAATTTGTCTAAGTGGAATGCTGCATTAATGGATGAAGTTGGTGTTCGACACGATGACTTTCAACCATCTCTACAATCTCTTGTAGGAGATTATGATCTACGAAAGCTTGAAACGAGTGGGTTTGCTTGTAATGCGAC...
474 aa · LXL04_016239|LXL04_016239|OH1004|PROTEIN
MEGRRRVICGATQTIGLLAFIYLFYTQSFAFNPMTFCFGKRNLSKWNAALMDEVGVRHDDFQPSLQSLVGDYDLRKLETSGFACNATVHYPLVCVAINHLKIDIKTMEIYISTRLNSTNGTDLLVKEKKEAVQVRPYAWSQFDLLKSVTPVKILREPPQTPARYCDYNHRVPAVVFSSGGFAGNLFHEFNEIIIPLFITSRVFKSRVQFILVNYNSYLVEKYKSIFTSLSQYEVLNPMVNTSIHCFPGAVVGLKFHSFLA...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_016239 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_016239 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:116264397-116266669 (+) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to XAT2: Alpha-1,3-arabinosyltransferase XAT2 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程 GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程 GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0016757 glycosyltransferase activity 分子功能 GO:0035252 UDP-xylosyltransferase activity 分子功能 GO:0047517 1,4-beta-D-xylan synthase activity 分子功能 GO:0052636 arabinosyltransferase activity 分子功能 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G10320 dosa:Os02g0329800 dosa:Os02g0330200 dosa:Os03g0567600 dosa:Os06g0707000 osa:4329203 osa:4329205 osa:4333275 osa:4342010 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
高尔基体0.506
溶酶体／液泡0.134
内质网0.132
细胞膜0.081
细胞质0.076
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF04577.20Glyco_transf_61273-374 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_016239 | PF04577.20 | Glyco_transf_61 | 273 | 374 | 1.8e-14 | 54.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9SS43 | 拟南芥 | Xylan glycosyltransferase MUCI21 | 30.498% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q6ZFR0 | 水稻 | Alpha-1,3-arabinosyltransferase XAT2 | 40.173% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q10I20 | 水稻 | Alpha-1,3-arabinosyltransferase XAT3 | 39.589% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q6Z7I3 | 水稻 | Beta-1,2-xylosyltransferease XAX1 | 35.171% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q5Z8T8 | 水稻 | Beta-1,2-xylosyltransferase XYXT1 | 39.542% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |