LXL04_016176 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016176

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 113352689-113356218 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3111 bp · LXL04_016176|LXL04_016176|OH1004|cDNA

ATGGCATCTTCCTCAACTTCATCCATCGACAAAAGCTTTAAATATGATGTGTTTTTAAGTTTTAGAGGCGAAGACACTCGTACAAACTTCGTCGATCATCTTTATTCTGCTCTTGAGCATAAAAACATTTACACTTACAAGGATGACCAAAGAATCAAGAAAGGGAAAAGAATCAGTGATGAGCTCATCAGATCCATTCAAGACTCAAAGTTTTACATCATTGTTTTCTCCAAGAACTATGCATCTTCATCTTGGTGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3111 bp · LXL04_016176|LXL04_016176|OH1004|CDS

ATGGCATCTTCCTCAACTTCATCCATCGACAAAAGCTTTAAATATGATGTGTTTTTAAGTTTTAGAGGCGAAGACACTCGTACAAACTTCGTCGATCATCTTTATTCTGCTCTTGAGCATAAAAACATTTACACTTACAAGGATGACCAAAGAATCAAGAAAGGGAAAAGAATCAGTGATGAGCTCATCAGATCCATTCAAGACTCAAAGTTTTACATCATTGTTTTCTCCAAGAACTATGCATCTTCATCTTGGTGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1036 aa · LXL04_016176|LXL04_016176|OH1004|PROTEIN

MASSSTSSIDKSFKYDVFLSFRGEDTRTNFVDHLYSALEHKNIYTYKDDQRIKKGKRISDELIRSIQDSKFYIIVFSKNYASSSWCLDELVNIMECHKTIEHTAYPIFYDVEPSEVRKQSGTIGEAFAQHEKAPAAGKWREALKEAADLSGWELKKTADGHEAKLIEIIVEHLALELCSIDFSVDEKLVGMETRVKGLISSLEIGINDVRMIGIKGMGGGGKTTLARVVFDQMSFLFESKSFVENVREVSSSSLSGLMSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016176`
TK1151 ID	TkA02G180130
OH-1004 ID	LXL04_016176
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.305 / OH-1004 16.120 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016176

位置 Chr03:113352689-113356218 (-)

描述 Similar to RPV1: Disease resistance protein RPV1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12010`	参与植物防御的 TIR-NB-LRR 受体样蛋白。	Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016176 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0061809 NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.400

排名 1 · LXL04_016176 · OH-1004

细胞膜0.310

排名 2 · LXL04_016176 · OH-1004

细胞核0.218

排名 3 · LXL04_016176 · OH-1004

内质网0.104

排名 4 · LXL04_016176 · OH-1004

溶酶体／液泡0.057

排名 5 · LXL04_016176 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR14-177 aa

PF13676.12TIR_217-112 aa

PF00931.29NB-ARC198-364 aa

PF23282.2WHD_ROQ1433-504 aa

PF23598.2LRR_14657-737 aa

PF25019.1LRR_R13L1-DRL21696-758 aa

PF23598.2LRR_14724-775 aa

PF13855.13LRR_8750-807 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016176	`PF01582.26`	TIR	14	177	4.2e-49	167.5
LXL04_016176	`PF13676.12`	TIR_2	17	112	6.3e-15	56.5
LXL04_016176	`PF00931.29`	NB-ARC	198	364	2.1e-19	70.5
LXL04_016176	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	433	504	8.9e-16	58.5
LXL04_016176	`PF23598.2`	LRR_14	657	737	5.6e-44	151.0
LXL04_016176	`PF25019.1`	LRR_R13L1-DRL21	696	758	7.8e-16	58.9
LXL04_016176	`PF23598.2`	LRR_14	724	775	5.6e-44	151.0
LXL04_016176	`PF13855.13`	LRR_8	750	807	2.6e-19	69.4
LXL04_016176	`PF23598.2`	LRR_14	772	827	5.6e-44	151.0
LXL04_016176	`PF23598.2`	LRR_14	815	894	5.6e-44	151.0
LXL04_016176	`PF13855.13`	LRR_8	892	947	2.6e-19	69.4
LXL04_016176	`PF23598.2`	LRR_14	894	971	5.6e-44	151.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ66`	拟南芥	Disease resistance-like protein DSC1	34.706%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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