LXL04_016163 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016163

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 112896619-112899184 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2097 bp · LXL04_016163|LXL04_016163|OH1004|cDNA

ATGAATAGAAAGGGTTGTGACATTGAAGCAACAGGCATCAACTACACAATCTACACTCTAAAACCACAACCCCCTGTCAAGATCTTCAACAAAGACCAACAATCTATACCCCAACAATGCCTTTCTGATCCTGACACCAACCCCAGAGCTCGCCGGGTTCTTCGCGAAGTAAGTTGCCATGCAAAACCGTGGGAGGTCCTTGCCATCGTGGGTCCTAGCGGCGCCGGAAAGTCCTCTCTTCTTGAGAtcctcgccggaaa...

CDS

下载 CDS FASTA

2097 bp · LXL04_016163|LXL04_016163|OH1004|CDS

ATGAATAGAAAGGGTTGTGACATTGAAGCAACAGGCATCAACTACACAATCTACACTCTAAAACCACAACCCCCTGTCAAGATCTTCAACAAAGACCAACAATCTATACCCCAACAATGCCTTTCTGATCCTGACACCAACCCCAGAGCTCGCCGGGTTCTTCGCGAAGTAAGTTGCCATGCAAAACCGTGGGAGGTCCTTGCCATCGTGGGTCCTAGCGGCGCCGGAAAGTCCTCTCTTCTTGAGATCCTCGCCGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

698 aa · LXL04_016163|LXL04_016163|OH1004|PROTEIN

MNRKGCDIEATGINYTIYTLKPQPPVKIFNKDQQSIPQQCLSDPDTNPRARRVLREVSCHAKPWEVLAIVGPSGAGKSSLLEILAGKLTPQTAKIYVNQKPVDKSRFKKISGYVTQKDNLFPLLTVEETLVFTAKLRLNLPKPELNSRVKILIQELGLTHVANARVGDDRVRGISGGERRRVSIGVAVVHDPEVVILDEPTSGLDSNSAFQIIDMVKTMAETRGKTVVLSIHQPGFRIIKLFNSILLMANGTVLHQGTAD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016163`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016163

位置 Chr03:112896619-112899184 (+)

描述 Similar to ABCG5: ABC transporter G family member 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g13610`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 5。	暂无已核实直接文献
`At1g53270`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 10。	暂无已核实直接文献
`At5g52860`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 8。	暂无已核实直接文献
`At5g19410`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 23。	暂无已核实直接文献
`At4g25750`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016163 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53270

ath:AT2G13610

ath:AT4G25750

ath:AT5G19410

ath:AT5G52860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.449

排名 1 · LXL04_016163 · OH-1004

内质网0.196

排名 2 · LXL04_016163 · OH-1004

溶酶体／液泡0.181

排名 3 · LXL04_016163 · OH-1004

细胞质0.127

排名 4 · LXL04_016163 · OH-1004

高尔基体0.101

排名 5 · LXL04_016163 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran54-202 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7232-356 aa

PF01061.30ABC2_membrane360-569 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016163	`PF00005.34`	ABC_tran	54	202	2.7e-31	109.7
LXL04_016163	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	232	356	6.1e-06	26.1
LXL04_016163	`PF01061.30`	ABC2_membrane	360	569	5.7e-47	160.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIT6`	拟南芥	ABC transporter G family member 5	65.906%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9MAH4`	拟南芥	ABC transporter G family member 10	47.089%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLX5`	拟南芥	ABC transporter G family member 8	42.036%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E9B8`	拟南芥	ABC transporter G family member 23	42.275%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SW08`	拟南芥	ABC transporter G family member 4	41.908%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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