LXL04_015985 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015985

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 101640912-101644175 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1857 bp · LXL04_015985|LXL04_015985|OH1004|cDNA

ATGGGGTCTTTAGGAAATGGCGATGCCAAGAAAGCAACGTGGTTGCACCCAAGATTCACCGGCTTTAACCCTTCTGAACGATGGGGTCATTCTGCTTGCTTCTTTAATGGTTTCCTCTATGTCTTTGGTGGATGTTGTGGCGGTTTACATTTCAGTGATGTACTTGTGCTAAACCTCGAAACCATGGCTTGGACCCATCTAGCAACGACGGGAGTCGGGCCGGGTCCAAGGGACAGTCACAGCGCCGTCATCGTAGGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1857 bp · LXL04_015985|LXL04_015985|OH1004|CDS

ATGGGGTCTTTAGGAAATGGCGATGCCAAGAAAGCAACGTGGTTGCACCCAAGATTCACCGGCTTTAACCCTTCTGAACGATGGGGTCATTCTGCTTGCTTCTTTAATGGTTTCCTCTATGTCTTTGGTGGATGTTGTGGCGGTTTACATTTCAGTGATGTACTTGTGCTAAACCTCGAAACCATGGCTTGGACCCATCTAGCAACGACGGGAGTCGGGCCGGGTCCAAGGGACAGTCACAGCGCCGTCATCGTAGGTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

618 aa · LXL04_015985|LXL04_015985|OH1004|PROTEIN

MGSLGNGDAKKATWLHPRFTGFNPSERWGHSACFFNGFLYVFGGCCGGLHFSDVLVLNLETMAWTHLATTGVGPGPRDSHSAVIVGHMMIIFGGTNGCKKVNDVHILHLLTREWTRPNCKGVAPTPRESHTATMVGNDRMVVFGGSGEGDANYLNDLHILDLKTMRWSQPNPTGDLPVPRDSHSAVAVVNNIFIYGGDCGDRYRGDVGVFNVDTSTWSRLVVQGPSPGVRAGHAAVNIGTNVYMIGGVGDKHYYNDVWVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015985`
TK1151 ID	TkA02G275030
OH-1004 ID	LXL04_015985
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.750 / OH-1004 51.618 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015985

位置 Chr03:101640912-101644175 (-)

描述 Similar to RABEPK: Rab9 effector protein with kelch motifs

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0835800`	与 RAB5A 和 VPS9A 协同作用，调节籽粒灌浆和成熟过程中种子胚乳中主要储存蛋白的致密囊泡介导的高尔基后运输。	GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION3 encodes a regulator of post-Golgi vesicular traffic essential for vacuolar protein sorting in rice endosperm.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.121376

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015985 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006898 receptor-mediated endocytosis 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0030133 transport vesicle 细胞组分

GO:0032588 trans-Golgi network membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

bta:533613

hsa:10244

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.761

排名 1 · LXL04_015985 · OH-1004

细胞质0.292

排名 2 · LXL04_015985 · OH-1004

细胞膜0.060

排名 3 · LXL04_015985 · OH-1004

内质网0.035

排名 4 · LXL04_015985 · OH-1004

溶酶体／液泡0.029

排名 5 · LXL04_015985 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC78-145 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX428-149 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR19-68 aa

PF13854.13Kelch_HCF11-95 aa

PF01344.32Kelch_129-69 aa

PF07646.22Kelch_229-67 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR151-197 aa

PF01344.32Kelch_176-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015985	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	8	145	1.1e-105	352.6
LXL04_015985	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	8	149	4.5e-77	259.0
LXL04_015985	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	9	68	2e-46	159.3
LXL04_015985	`PF13854.13`	Kelch_HCF	11	95	4.4e-44	151.9
LXL04_015985	`PF01344.32`	Kelch_1	29	69	1.4e-33	114.7
LXL04_015985	`PF07646.22`	Kelch_2	29	67	4.6e-26	90.1
LXL04_015985	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	51	197	2e-46	159.3
LXL04_015985	`PF01344.32`	Kelch_1	76	116	1.4e-33	114.7
LXL04_015985	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	79	297	1.1e-105	352.6
LXL04_015985	`PF13854.13`	Kelch_HCF	110	197	4.4e-44	151.9
LXL04_015985	`PF13418.13`	Beta-prop_TYW4	124	351	3.7e-19	70.3
LXL04_015985	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	128	221	4e-19	70.0
LXL04_015985	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	129	315	4.5e-77	259.0
LXL04_015985	`PF07646.22`	Kelch_2	130	172	4.6e-26	90.1
LXL04_015985	`PF13854.13`	Kelch_HCF	152	247	4.4e-44	151.9
LXL04_015985	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	192	273	2e-46	159.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q10AZ7`	水稻	Protein GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION 3	30.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情