LXL04_015480 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015480

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 73303155-73308044 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2451 bp · LXL04_015480|LXL04_015480|OH1004|cDNA

ATGGGCAAACCTACGGGTAAGAAGAAGTTACAGGCTGGAGTTGAGAAAGCTGTGAAACAGAACAAAGCAGAAAGAAGTTCGAAACTAGTCGATGAAGATACAGCTGTCTTCATTCAAATGTCTCAGGAGTTGAAGGAAGAAGGCAATAAGCTGTTTCAAAAGCGTGACAACGAAGGGGCGATGTTGAAGTATGAAAAGGCTCTTAAGTTATTACCTGGGAACCATATAGACGTTGCTTCTCTACGTACCAATATGGCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2451 bp · LXL04_015480|LXL04_015480|OH1004|CDS

ATGGGCAAACCTACGGGTAAGAAGAAGTTACAGGCTGGAGTTGAGAAAGCTGTGAAACAGAACAAAGCAGAAAGAAGTTCGAAACTAGTCGATGAAGATACAGCTGTCTTCATTCAAATGTCTCAGGAGTTGAAGGAAGAAGGCAATAAGCTGTTTCAAAAGCGTGACAACGAAGGGGCGATGTTGAAGTATGAAAAGGCTCTTAAGTTATTACCTGGGAACCATATAGACGTTGCTTCTCTACGTACCAATATGGCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

816 aa · LXL04_015480|LXL04_015480|OH1004|PROTEIN

MGKPTGKKKLQAGVEKAVKQNKAERSSKLVDEDTAVFIQMSQELKEEGNKLFQKRDNEGAMLKYEKALKLLPGNHIDVASLRTNMAGCYMQMGIGEYPRAIHECNLALEVAPKYTKALLKRAKCYETLNKFEWALRDIRIVLGMEPNNITAVEMEDSVKNAIQEKGQRLEDIEAAISYESNNPSALTSVKTSKEKTKRRRSNRVDKKVVENGNNSKIEEVTETKSEESKENTGEETTNRKNKSKRVRDKRANQVENKKIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015480`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015480

位置 Chr03:73303155-73308044 (+)

描述 Similar to PHOX1: Protein PHOX1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25290`	羧酸夹型四螺旋重复蛋白，可能作为 Hsp90/Hsp70 潜在的辅助伴侣蛋白。	Myosin-driven transport network in plants.2017 · DOI: 10.1073/pnas.1620577114
`At4g32070`	羧酸钳型四重复肽蛋白，可能作为潜在的Hsp90/Hsp70共分子伴侣。	暂无已核实直接文献
`At5g20360`	羧酸夹型四螺旋重复蛋白，可能作为 Hsp90/Hsp70 潜在的辅助伴侣蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g62390`	细胞分裂过程中质体分离和分配所需的。	CLUMPED CHLOROPLASTS 1 is required for plastid separation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1106706108

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015480 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0030659 cytoplasmic vesicle membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0080115 myosin XI tail binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62390

ath:AT2G25290

ath:AT4G32070

ath:AT5G20360

zma:103641203

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.529

排名 1 · LXL04_015480 · OH-1004

细胞核0.337

排名 2 · LXL04_015480 · OH-1004

细胞膜0.111

排名 3 · LXL04_015480 · OH-1004

高尔基体0.079

排名 4 · LXL04_015480 · OH-1004

内质网0.074

排名 5 · LXL04_015480 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00564.31PB1274-352 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015480	`PF00564.31`	PB1	274	352	6.3e-11	42.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IRM4`	拟南芥	Protein PHOX1	53.625%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JTI1`	拟南芥	Protein PHOX4	50.590%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4K487`	拟南芥	Protein PHOX3	40.438%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O48802`	拟南芥	Protein CLMP1	38.787%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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