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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_015427
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 71610722-71617367 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1917 bp · LXL04_015427|LXL04_015427|OH1004|cDNA

ATGAATCATCCTTGCAATGCAGCCATTGATAAAGAGGATGAAGGTTTAAGAGAGGAAAATAGAGAAAAAGATGGGATGATTGGATATTTACGATCGTTTATTCTCTTAAAAAAACCTAAACGTAAAAGGCCAAATTACAGTACCTTGAGTGTAAAAGATTTCAAAGGGGAGGGACCAAAATGTGAAATTCTATCACTCCAGAGTCCAATCATCCAAATTCATCTTCATAATCAAATCGACCGCTCCTACTTTTTCACTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1917 bp · LXL04_015427|LXL04_015427|OH1004|CDS

ATGAATCATCCTTGCAATGCAGCCATTGATAAAGAGGATGAAGGTTTAAGAGAGGAAAATAGAGAAAAAGATGGGATGATTGGATATTTACGATCGTTTATTCTCTTAAAAAAACCTAAACGTAAAAGGCCAAATTACAGTACCTTGAGTGTAAAAGATTTCAAAGGGGAGGGACCAAAATGTGAAATTCTATCACTCCAGAGTCCAATCATCCAAATTCATCTTCATAATCAAATCGACCGCTCCTACTTTTTCACTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

638 aa · LXL04_015427|LXL04_015427|OH1004|PROTEIN

MNHPCNAAIDKEDEGLREENREKDGMIGYLRSFILLKKPKRKRPNYSTLSVKDFKGEGPKCEILSLQSPIIQIHLHNQIDRSYFFTSSGDGFDSELSYIDHPLIMSLRPNARTEVRRNRYKVAVDAEEGRRRREDNMVEIRKNKREENLLKKRQVVPSSQPLSTGAPIQTATTEKKLESLPSMVAGVYSNDNNMQLEATTQFRKLLSIERSPPIEEVIQSGVVPRFVEFLMREDFPQLQFEAAWALTNIASGTSENTKVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_015427
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_015427
位置Chr03:71610722-71617367 (+)
描述Similar to IMPA2: Importin subunit alpha-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g16143 与传统的 NLS 基序结合并介导核蛋白跨核膜的输入。
SWO1 modulates cell wall integrity under salt stress by interacting with importin ɑ in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1007/s44154-021-00010-5
At3g06720 在不存在导入蛋白 β 亚基的情况下以高亲和力与常规 NLS 基序结合。
SWO1 modulates cell wall integrity under salt stress by interacting with importin ɑ in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1007/s44154-021-00010-5

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0253300 功能于核蛋白输入。 暂无已核实直接文献
Os05g0155601 功能于核蛋白输入。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015427 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程
GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:2000280 regulation of root development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06720
ath:AT4G16143
sly:543535
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.547
排名 1 · LXL04_015427 · OH-1004
细胞质0.514
排名 2 · LXL04_015427 · OH-1004
细胞膜0.066
排名 3 · LXL04_015427 · OH-1004
线粒体0.057
排名 4 · LXL04_015427 · OH-1004
内质网0.045
排名 5 · LXL04_015427 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01749.27IBB116-200 aa
PF25579.2TPR_TRIP12_N175-296 aa
PF00514.30Arm211-251 aa
PF24768.2ARM_ARMC5214-336 aa
PF13646.13HEAT_2224-294 aa
PF30746.1TMCO6232-580 aa
PF13513.13HEAT_EZ236-291 aa
PF00514.30Arm253-292 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_015427PF01749.27IBB1162009.5e-2690.8
LXL04_015427PF25579.2TPR_TRIP12_N1752967.8e-0833.3
LXL04_015427PF00514.30Arm2112516.1e-94306.1
LXL04_015427PF24768.2ARM_ARMC52143362.4e-1970.5
LXL04_015427PF13646.13HEAT_22242942.7e-1969.9
LXL04_015427PF30746.1TMCO62325803.5e-1453.1
LXL04_015427PF13513.13HEAT_EZ2362911.9e-2795.9
LXL04_015427PF00514.30Arm2532926.1e-94306.1
LXL04_015427PF02985.29HEAT2662921.6e-1556.5
LXL04_015427PF13646.13HEAT_22703732.7e-1969.9
LXL04_015427PF00514.30Arm2953366.1e-94306.1
LXL04_015427PF13513.13HEAT_EZ3253751.9e-2795.9
LXL04_015427PF00514.30Arm3493776.1e-94306.1
LXL04_015427PF30701.1ARMC63784941.1e-0731.6
LXL04_015427PF00514.30Arm3804186.1e-94306.1
LXL04_015427PF13513.13HEAT_EZ4094601.9e-2795.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JL11拟南芥Importin subunit alpha-281.599%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q96321拟南芥Importin subunit alpha-180.337%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q71VM4水稻Importin subunit alpha-1a82.634%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SLX0水稻Importin subunit alpha-1b78.439%Swiss-Prot强数据库同源证据

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