LXL04_015424 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015424

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 71578740-71585108 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

972 bp · LXL04_015424|LXL04_015424|OH1004|cDNA

atgggaagaacACCTTGTTGTGAAAAGGAAGGGATACGAAGAGGGAGGTGGACTGCTGAAGAAGATGAAACATTGGTCAAATACATTCAACACAATGGTGAAGGTTCTTGGAGGTCTTTGCCCAAAAATGCAGGTTTGTCAAGGTGTGGAAAGAGTTGCAGATTAAGATGGATCAATTATCTACGAGGGGACCTAAAGAGGGGCAATATCActgcagaagaagaagaaatgatCGTCAAGTTACATGGATCCTTAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

972 bp · LXL04_015424|LXL04_015424|OH1004|CDS

ATGGGAAGAACACCTTGTTGTGAAAAGGAAGGGATACGAAGAGGGAGGTGGACTGCTGAAGAAGATGAAACATTGGTCAAATACATTCAACACAATGGTGAAGGTTCTTGGAGGTCTTTGCCCAAAAATGCAGGTTTGTCAAGGTGTGGAAAGAGTTGCAGATTAAGATGGATCAATTATCTACGAGGGGACCTAAAGAGGGGCAATATCACTGCAGAAGAAGAAGAAATGATCGTCAAGTTACATGGATCCTTAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

323 aa · LXL04_015424|LXL04_015424|OH1004|PROTEIN

MGRTPCCEKEGIRRGRWTAEEDETLVKYIQHNGEGSWRSLPKNAGLSRCGKSCRLRWINYLRGDLKRGNITAEEEEMIVKLHGSLGNRWSVIASHLPGRTDNEIKNYWNSHLSRKMYRYFRGKDDLALNSIKITDVIHAKPKIGRVSRCMAKKYNKNRVATDIKSTPRPSNNKLAPRTIINKDKTDDHGIGSYSVPSKKIVVTEDNKVAEIEWNFQEVRENQELGPNEFCFQDDEMMDITRYLGSGVLSIHDEEQAGKIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015424`
TK1151 ID	TkA02G334740
OH-1004 ID	LXL04_015424
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.596 / OH-1004 62.848 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015424

位置 Chr03:71578740-71585108 (+)

描述 Similar to MYB12: Transcription factor MYB12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47460`	黄酮醇特异性转录激活因子，参与调控多个黄酮类化合物生物合成相关基因。	The Arabidopsis transcription factor MYB12 is a flavonol-specific regulator of phenylpropanoid biosynthesis.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.058032 Differential regulation of closely related R2R3-MYB transcription factors controls flavonol accumulation in different parts of the Arabidopsis thaliana seedling.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03078.x The Arabidopsis bZIP transcription factor HY5 regulates expression of the PFG1/MYB12 gene in response to light and ultraviolet-B radiation.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2009.02061.x Analysis of PRODUCTION OF FLAVONOL GLYCOSIDES-dependent flavonol glycoside accumulation in Arabidopsis thaliana plants reveals MYB11-, MYB12- and MYB111-independent flavonol glycoside accumulation.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03421.x
`At5g49330`	黄酮醇特异性转录激活因子，参与调控多个黄酮类化合物生物合成相关基因。	Differential regulation of closely related R2R3-MYB transcription factors controls flavonol accumulation in different parts of the Arabidopsis thaliana seedling.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03078.x The Arabidopsis bZIP transcription factor HY5 regulates expression of the PFG1/MYB12 gene in response to light and ultraviolet-B radiation.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2009.02061.x Analysis of PRODUCTION OF FLAVONOL GLYCOSIDES-dependent flavonol glycoside accumulation in Arabidopsis thaliana plants reveals MYB11-, MYB12- and MYB111-independent flavonol glycoside accumulation.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03421.x
`At3g62610`	通过降低分生组织细胞的增殖活性和延缓发育来调节整体生长。	Differential regulation of closely related R2R3-MYB transcription factors controls flavonol accumulation in different parts of the Arabidopsis thaliana seedling.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03078.x The AtMYB11 gene from Arabidopsis is expressed in meristematic cells and modulates growth in planta and organogenesis in vitro.2008 · DOI: 10.1093/jxb/ern027 The Arabidopsis bZIP transcription factor HY5 regulates expression of the PFG1/MYB12 gene in response to light and ultraviolet-B radiation.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2009.02061.x Analysis of PRODUCTION OF FLAVONOL GLYCOSIDES-dependent flavonol glycoside accumulation in Arabidopsis thaliana plants reveals MYB11-, MYB12- and MYB111-independent flavonol glycoside accumulation.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03421.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015424 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0043477 pigment biosynthetic process involved in pigment accumulation 生物过程

GO:0043480 pigment accumulation in tissues 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47460

ath:AT3G62610

ath:AT5G49330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · LXL04_015424 · OH-1004

细胞质0.090

排名 2 · LXL04_015424 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 3 · LXL04_015424 · OH-1004

内质网0.012

排名 4 · LXL04_015424 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_015424 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding14-61 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_617-77 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding67-112 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_671-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015424	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	14	61	2.5e-35	121.0
LXL04_015424	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	17	77	2.6e-20	73.1
LXL04_015424	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	67	112	2.5e-35	121.0
LXL04_015424	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	71	118	2.6e-20	73.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22264`	拟南芥	Transcription factor MYB12	67.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJ07`	拟南芥	Transcription factor MYB111	61.413%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZK4`	拟南芥	Transcription factor MYB11	81.818%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情