LXL04_015246 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015246

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 66766260-66774083 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5361 bp · LXL04_015246|LXL04_015246|OH1004|cDNA

ATGGAGGTTGTATCTGCTATCATTGGTCCTATTGTTGAATCTTTATTGGTTCCAGTGAAGAAACAGCTGGGATATCTATTTTCCTCAACAAAACATGTTGGTAAGATGAATGCTAGAATGAAGCAATTGCACGATACAAGCATTGATGTCACAAAACACATGGAAGCAAACAAAATAAGCAATCAGGAGATACCTACTCATGTGCCTGGTTGGCTGAAAGAGGTCGCAAAGATTGAGGAAGATGCCAAAAGAATTTCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

5361 bp · LXL04_015246|LXL04_015246|OH1004|CDS

ATGGAGGTTGTATCTGCTATCATTGGTCCTATTGTTGAATCTTTATTGGTTCCAGTGAAGAAACAGCTGGGATATCTATTTTCCTCAACAAAACATGTTGGTAAGATGAATGCTAGAATGAAGCAATTGCACGATACAAGCATTGATGTCACAAAACACATGGAAGCAAACAAAATAAGCAATCAGGAGATACCTACTCATGTGCCTGGTTGGCTGAAAGAGGTCGCAAAGATTGAGGAAGATGCCAAAAGAATTTCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1786 aa · LXL04_015246|LXL04_015246|OH1004|PROTEIN

MEVVSAIIGPIVESLLVPVKKQLGYLFSSTKHVGKMNARMKQLHDTSIDVTKHMEANKISNQEIPTHVPGWLKEVAKIEEDAKRISSIENGCFNLKMRYSRGRTACKTSEVIEKLIKENSEMSWRDVQRPLGKVKSHITSTSAVSNDDGDAQNHFKSREHTFKDALESLQQDQIIKAIALCGMGGVGKTTMMEQLKKTAEDKKMFDYIVKVVIGQQINIPKIQQDVAEYIIGKSLSELSQEVRADRLRIAFEKLSEDKKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015246`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015246

位置 Chr03:66766260-66774083 (+)

描述 Similar to At4g27190: Disease resistance protein At4g27190

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27190`	抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g27220`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g47250`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g43740`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g12210`	抗病(R)蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015246 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12210

ath:AT4G27190

ath:AT4G27220

ath:AT5G43740

ath:AT5G47250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.503

排名 1 · LXL04_015246 · OH-1004

细胞质0.318

排名 2 · LXL04_015246 · OH-1004

细胞核0.238

排名 3 · LXL04_015246 · OH-1004

内质网0.084

排名 4 · LXL04_015246 · OH-1004

细胞外0.043

排名 5 · LXL04_015246 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00931.29NB-ARC160-334 aa

PF23598.2LRR_14581-693 aa

PF23247.2LRR_RPS2680-816 aa

PF23247.2LRR_RPS2756-882 aa

PF23247.2LRR_RPS2932-1079 aa

PF23247.2LRR_RPS21124-1239 aa

PF23247.2LRR_RPS21194-1278 aa

PF23247.2LRR_RPS21319-1370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015246	`PF00931.29`	NB-ARC	160	334	1.5e-23	83.9
LXL04_015246	`PF23598.2`	LRR_14	581	693	1.4e-09	37.9
LXL04_015246	`PF23247.2`	LRR_RPS2	680	816	1.4e-94	315.1
LXL04_015246	`PF23247.2`	LRR_RPS2	756	882	1.4e-94	315.1
LXL04_015246	`PF23247.2`	LRR_RPS2	932	1079	1.4e-94	315.1
LXL04_015246	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1124	1239	1.4e-94	315.1
LXL04_015246	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1194	1278	1.4e-94	315.1
LXL04_015246	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1319	1370	1.4e-94	315.1
LXL04_015246	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1398	1499	1.4e-94	315.1
LXL04_015246	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1552	1685	1.4e-94	315.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T048`	拟南芥	Disease resistance protein At4g27190	23.720%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81825`	拟南芥	Probable disease resistance protein At4g27220	25.933%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LVT4`	拟南芥	Probable disease resistance protein At5g47250	23.188%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FG90`	拟南芥	Probable disease resistance protein At5g43740	24.926%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L3R3`	拟南芥	Disease resistance protein RFL1	25.211%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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