LXL04_015213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 66063253-66066202 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1905 bp · LXL04_015213|LXL04_015213|OH1004|cDNA

atggaagaagaaaaggagCTATCCAAGTGTAATAATTGCAGAATCGCTAGGGATGTTGTCGAAGAATTAATTGGGATTACCGAAGCTGCTAAATCAATGGGAGAGTTTCGAGGAACGCAGAAGAAAGAGAGCCAAATGCTCCTAAGGCGATTGAGGCAGTGTCTGCCCTTATTGGAAGAGCTTCGAGATCTTGATGCACAGATTCCAGAAAATTGCTTATCATGTTTGCATAGATTGAAAAGAGCGTTTATCCTGGCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · LXL04_015213|LXL04_015213|OH1004|CDS

ATGGAAGAAGAAAAGGAGCTATCCAAGTGTAATAATTGCAGAATCGCTAGGGATGTTGTCGAAGAATTAATTGGGATTACCGAAGCTGCTAAATCAATGGGAGAGTTTCGAGGAACGCAGAAGAAAGAGAGCCAAATGCTCCTAAGGCGATTGAGGCAGTGTCTGCCCTTATTGGAAGAGCTTCGAGATCTTGATGCACAGATTCCAGAAAATTGCTTATCATGTTTGCATAGATTGAAAAGAGCGTTTATCCTGGCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · LXL04_015213|LXL04_015213|OH1004|PROTEIN

MEEEKELSKCNNCRIARDVVEELIGITEAAKSMGEFRGTQKKESQMLLRRLRQCLPLLEELRDLDAQIPENCLSCLHRLKRAFILAKKLLKTCHAGSKIYLVLETNAMLSRFQSVYDKLNHAMDGFPYKEIGISEEVKEQVELMCTQLKRAKPQVDSQEMELTSDMMTILSADTDRISECEAIRRLANKLSLNTLEELRTETVVVRKLVKERRGQNAQGTEKIINLLDKFKRFAGIEQANVLDDPAPCNRTLQKCASITI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015213`
TK1151 ID	TkA02G355660
OH-1004 ID	LXL04_015213
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015213

位置 Chr03:66063253-66066202 (+)

描述 Similar to PUB15: U-box domain-containing protein 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42340`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At3g46510`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At2g28830`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At3g54850`	与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。	Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0102700`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

GO:0070696 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28830

ath:AT3G46510

ath:AT3G54850

ath:AT5G42340

dosa:Os06g0102700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · LXL04_015213 · OH-1004

细胞核0.333

排名 2 · LXL04_015213 · OH-1004

细胞膜0.185

排名 3 · LXL04_015213 · OH-1004

线粒体0.062

排名 4 · LXL04_015213 · OH-1004

内质网0.060

排名 5 · LXL04_015213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25368.2PUB10_N41-152 aa

PF04564.22U-box260-330 aa

PF25598.2ARM_PUB351-625 aa

PF00514.30Arm380-419 aa

PF24768.2ARM_ARMC5382-584 aa

PF00514.30Arm463-501 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015213	`PF25368.2`	PUB10_N	41	152	1.9e-31	110.0
LXL04_015213	`PF04564.22`	U-box	260	330	8e-21	74.7
LXL04_015213	`PF25598.2`	ARM_PUB	351	625	1.8e-24	87.4
LXL04_015213	`PF00514.30`	Arm	380	419	7.1e-28	96.4
LXL04_015213	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	382	584	3.6e-16	60.1
LXL04_015213	`PF00514.30`	Arm	463	501	7.1e-28	96.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q681N2`	拟南芥	U-box domain-containing protein 15	52.941%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SNC6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 13	40.498%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZV31`	拟南芥	U-box domain-containing protein 12	40.266%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VZ40`	拟南芥	U-box domain-containing protein 14	37.379%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5VRH9`	水稻	U-box domain-containing protein 12	38.752%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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