LXL04_015184 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015184

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 65435387-65438018 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1041 bp · LXL04_015184|LXL04_015184|OH1004|cDNA

ATGCAAGGAGGATCAACTGGAATCGGTTACGGTCTCAAATATCAGGCAAGATGTATTGCGGATGTGAAAGCCGATACAGATCACACCAGTTTCCTCGCTGGTACTCTCAGTCTCAAAGAAGAAAATGAGGTGCATCTGATTAGGCTTTCATCAGGTGGTACGGAACTTGTTTGCGAGGGTTTGTTTTCCCATCCGAACGAGATATGGGACCTTGCTTCATGCCCTTTCGATCAACGAATATTCTCCACCGTCTTCTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1041 bp · LXL04_015184|LXL04_015184|OH1004|CDS

ATGCAAGGAGGATCAACTGGAATCGGTTACGGTCTCAAATATCAGGCAAGATGTATTGCGGATGTGAAAGCCGATACAGATCACACCAGTTTCCTCGCTGGTACTCTCAGTCTCAAAGAAGAAAATGAGGTGCATCTGATTAGGCTTTCATCAGGTGGTACGGAACTTGTTTGCGAGGGTTTGTTTTCCCATCCGAACGAGATATGGGACCTTGCTTCATGCCCTTTCGATCAACGAATATTCTCCACCGTCTTCTCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

346 aa · LXL04_015184|LXL04_015184|OH1004|PROTEIN

MQGGSTGIGYGLKYQARCIADVKADTDHTSFLAGTLSLKEENEVHLIRLSSGGTELVCEGLFSHPNEIWDLASCPFDQRIFSTVFSSGESYEAAVWQIPELYGQSNSPQLECIASLDAHSSKIKCVLWWPSGRHDKLISIDEQNIFLWSLDSSKKSAQVQSQESGGMLHHMTGGAWDPHDQNVVASTSESSIQFWDLRTMKKTNSIECSHVRNIDYDSKKKHMLVTAADESGIHIWDVRMSKAPVAELPGHSHWTWAVRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015184`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015184

位置 Chr03:65435387-65438018 (-)

描述 Similar to DWA2: WD repeat-containing protein DWA2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76260`	CUL4-RBX1-DDB1-DWA1/DWA2 E3 泛素蛋白连接酶复合物的组成部分，在脱落酸信号传导中充当负调节因子。	DWA1 and DWA2, two Arabidopsis DWD protein components of CUL4-based E3 ligases, act together as negative regulators in ABA signal transduction.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.073783

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015184 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0051049 regulation of transport 生物过程

GO:1905281 positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:2001137 positive regulation of endocytic recycling 生物过程

GO:0000938 GARP complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76260

gja:107122311

rno:362721

xtr:496745

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.560

排名 1 · LXL04_015184 · OH-1004

细胞核0.398

排名 2 · LXL04_015184 · OH-1004

溶酶体／液泡0.119

排名 3 · LXL04_015184 · OH-1004

高尔基体0.102

排名 4 · LXL04_015184 · OH-1004

细胞膜0.080

排名 5 · LXL04_015184 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23609.2Beta-prop_EIPR15-280 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR180-161 aa

PF24814.2WD40_Prp1982-242 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd85-204 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5108-208 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3109-280 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd111-280 aa

PF23409.2Beta-prop_EML112-200 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015184	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	5	280	5.6e-100	335.1
LXL04_015184	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	80	161	6.9e-12	45.7
LXL04_015184	`PF24814.2`	WD40_Prp19	82	242	1.2e-13	51.5
LXL04_015184	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	85	204	2e-09	37.7
LXL04_015184	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	108	208	2.4e-13	50.8
LXL04_015184	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	109	280	5.5e-20	72.2
LXL04_015184	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	111	280	7.8e-06	25.8
LXL04_015184	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	112	200	1.4e-06	28.7
LXL04_015184	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	142	327	2.5e-14	54.0
LXL04_015184	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	142	280	1.4e-07	31.8
LXL04_015184	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	143	280	5.2e-13	49.8
LXL04_015184	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	180	328	5.7e-11	42.9
LXL04_015184	`PF24796.2`	WDR55	181	265	9.3e-06	25.6
LXL04_015184	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	210	319	2.9e-08	34.0
LXL04_015184	`PF24814.2`	WD40_Prp19	211	332	1.2e-13	51.5
LXL04_015184	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	218	333	2.4e-13	50.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NPN9`	拟南芥	WD repeat-containing protein DWA2	74.857%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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