LXL04_014952 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014952

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 60284076-60288608 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2016 bp · LXL04_014952|LXL04_014952|OH1004|cDNA

ATGGAGACTGTTGGAGAAGATGATGTACACGAGTATAATAGTCCAAAGGCGAAGTCTTCAGAAAAGAACAAAAGTGTTTCGATATCCATCCCAGTGAGCTCCACGGCTCAAGTCTTGTTACCTTCTCAGAATGATGGTGGTGAACAGGGGTGGCTACGACAAAAGAAATTGTTACATGAAGTTTTTAAAATTGGGGTTATGAATCCACATAAAAAATATGTTAAGCGGTTGAACCAATTCGTTCTCATATCTTGCTTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2016 bp · LXL04_014952|LXL04_014952|OH1004|CDS

ATGGAGACTGTTGGAGAAGATGATGTACACGAGTATAATAGTCCAAAGGCGAAGTCTTCAGAAAAGAACAAAAGTGTTTCGATATCCATCCCAGTGAGCTCCACGGCTCAAGTCTTGTTACCTTCTCAGAATGATGGTGGTGAACAGGGGTGGCTACGACAAAAGAAATTGTTACATGAAGTTTTTAAAATTGGGGTTATGAATCCACATAAAAAATATGTTAAGCGGTTGAACCAATTCGTTCTCATATCTTGCTTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

671 aa · LXL04_014952|LXL04_014952|OH1004|PROTEIN

METVGEDDVHEYNSPKAKSSEKNKSVSISIPVSSTAQVLLPSQNDGGEQGWLRQKKLLHEVFKIGVMNPHKKYVKRLNQFVLISCLIAIFIDPLFLYLLSVNKDYKCVVMNWPMAKILVVSRSITDLIYLWRMLIEFRLAYISPESRVVGAGDLEKRPKKIALHYLSGFFFLDLLIVLPIPQMIVLFIQPNGPTSLGGRYAKFLLQNVILVQYVPRLYRFLRLLAGQSPNGFIFEAAWANFVINLWTFVLAGHVIGSIWY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014952`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014952

位置 Chr03:60284076-60288608 (-)

描述 Similar to CNGC20: Probable cyclic nucleotide-gated ion channel 20, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g17700`	可能的环核苷酸门控离子通道。	暂无已核实直接文献
`At3g17690`	推定环核苷酸门控离子通道。	暂无已核实直接文献
`At4g30560`	推定环核苷酸门控离子通道。	暂无已核实直接文献
`At2g23980`	可能的环核苷酸门控离子通道。	暂无已核实直接文献
`At1g19780`	推定环核苷酸门控离子通道。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014952 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0033198 response to ATP 生物过程

GO:0080027 response to herbivore 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0035618 root hair 细胞组分

GO:0071944 cell periphery 细胞组分

GO:0005216 monoatomic ion channel activity 分子功能

GO:0005223 intracellularly cGMP-activated cation channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19780

ath:AT2G23980

ath:AT3G17690

ath:AT3G17700

ath:AT4G30560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.881

排名 1 · LXL04_014952 · OH-1004

细胞质0.080

排名 2 · LXL04_014952 · OH-1004

内质网0.063

排名 3 · LXL04_014952 · OH-1004

溶酶体／液泡0.029

排名 4 · LXL04_014952 · OH-1004

细胞核0.028

排名 5 · LXL04_014952 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00520.38Ion_trans80-423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014952	`PF00520.38`	Ion_trans	80	423	2.9e-14	53.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LD37`	拟南芥	Probable cyclic nucleotide-gated ion channel 20, chloroplastic	53.647%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LDR2`	拟南芥	Putative cyclic nucleotide-gated ion channel 19	50.240%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M0A4`	拟南芥	Putative cyclic nucleotide-gated ion channel 9	37.971%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82226`	拟南芥	Probable cyclic nucleotide-gated ion channel 6	36.791%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FXH6`	拟南芥	Putative cyclic nucleotide-gated ion channel 8	37.541%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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