LXL04_014780 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014780

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 56896766-56921798 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8103 bp · LXL04_014780|LXL04_014780|OH1004|cDNA

ATGATGTGTCTTTTGGAGAGCCATGATATGCTCGGTTTCATCGATGAAACATCAAAAAAACCCAAGAAAAAAGGCCGTCCTACAAAGGAGGCTGTTGTTAAAGGCAAGCTGTGGAAAAGATCGGACGCCCTTATAAAAGGATGGATATTCGGTTCGCTATGTGAAGATGTGATGTGTAATGTGATTGACCTCTCAACAGCTAATGATGTTTGGATAAAGCTAGAAACTATTTATAGTTCTCTTGAATCGGCTGCTCCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

8103 bp · LXL04_014780|LXL04_014780|OH1004|CDS

ATGATGTGTCTTTTGGAGAGCCATGATATGCTCGGTTTCATCGATGAAACATCAAAAAAACCCAAGAAAAAAGGCCGTCCTACAAAGGAGGCTGTTGTTAAAGGCAAGCTGTGGAAAAGATCGGACGCCCTTATAAAAGGATGGATATTCGGTTCGCTATGTGAAGATGTGATGTGTAATGTGATTGACCTCTCAACAGCTAATGATGTTTGGATAAAGCTAGAAACTATTTATAGTTCTCTTGAATCGGCTGCTCCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2700 aa · LXL04_014780|LXL04_014780|OH1004|PROTEIN

MMCLLESHDMLGFIDETSKKPKKKGRPTKEAVVKGKLWKRSDALIKGWIFGSLCEDVMCNVIDLSTANDVWIKLETIYSSLESAAPTTSENVSQKEYPYPSHVNAANFVYIKLSGRTNYEVWQEQMMCLLESHDMVGFIDGTLKKPKKKDFPKKEAADMVVIKGKQWKRSDALIKGWIFGSLCEDVMCIVIGLSTANDVWIKLETIYSSLESAAPTTSENDQAKHLPLYRAILKDDWKKAEDIFKMDKDALMFKLNDDEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014780`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_014780`
位置	Chr03:56896766-56921798 (+)
描述	Similar to Transposon TX1 uncharacterized 149 kDa protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014780` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031297 replication fork processing 生物过程 GO:0031571 mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling 生物过程 GO:0032197 retrotransposition 生物过程 GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程 GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程 GO:2000001 regulation of DNA damage checkpoint 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:55159 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.482

排名 1 · LXL04_014780 · OH-1004

细胞核0.295

排名 2 · LXL04_014780 · OH-1004

细胞膜0.239

排名 3 · LXL04_014780 · OH-1004

内质网0.066

排名 4 · LXL04_014780 · OH-1004

溶酶体／液泡0.043

排名 5 · LXL04_014780 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223.15Retrotran_gag_21-82 aa

PF14244.13Retrotran_gag_3112-147 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2126-211 aa

PF12796.14Ank_2255-320 aa

PF12796.14Ank_2263-354 aa

PF13962.12PGG681-793 aa

PF13639.13zf-RING_2992-1038 aa

PF23419.3WD40_RFWD31159-1470 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014780	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	1	82	1.4e-19	71.2
LXL04_014780	`PF14244.13`	Retrotran_gag_3	112	147	1.2e-08	35.3
LXL04_014780	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	126	211	1.4e-19	71.2
LXL04_014780	`PF12796.14`	Ank_2	255	320	1.1e-11	45.9
LXL04_014780	`PF12796.14`	Ank_2	263	354	1.1e-11	45.9
LXL04_014780	`PF13962.12`	PGG	681	793	7.1e-24	84.6
LXL04_014780	`PF13639.13`	zf-RING_2	992	1038	5.5e-08	33.7
LXL04_014780	`PF23419.3`	WD40_RFWD3	1159	1470	8e-26	91.9
LXL04_014780	`PF00005.34`	ABC_tran	1550	1584	1e-05	26.8
LXL04_014780	`PF00078.33`	RVT_1	1990	2239	2.3e-31	109.9
LXL04_014780	`PF13966.12`	zf-RVT	2515	2599	9.2e-15	55.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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