LXL04_014706 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014706

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 55148496-55153626 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3036 bp · LXL04_014706|LXL04_014706|OH1004|cDNA

ATGGACGTGGATTCGTCAATGGTGTCGTCGTCGTCAGAGGCGGATAACAACAATAAAAGTGACGACGTTAATACTAATGGCCCTCCGCCCGAGGAGCAGCTAGAATCTAGGGCAGCGGATGGGGAGGATCCTGGAGAAGCTTCTTCTGCTCAGCCTCTGCAGCCGCAGGTTCAACAGTTGCAGGCTCAGCAGACAAGTACTAGTCCAGTGGGTGGGCCAAGGCTTGCGCCTACTTACACTGTGGTGAACGCTATACTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3036 bp · LXL04_014706|LXL04_014706|OH1004|CDS

ATGGACGTGGATTCGTCAATGGTGTCGTCGTCGTCAGAGGCGGATAACAACAATAAAAGTGACGACGTTAATACTAATGGCCCTCCGCCCGAGGAGCAGCTAGAATCTAGGGCAGCGGATGGGGAGGATCCTGGAGAAGCTTCTTCTGCTCAGCCTCTGCAGCCGCAGGTTCAACAGTTGCAGGCTCAGCAGACAAGTACTAGTCCAGTGGGTGGGCCAAGGCTTGCGCCTACTTACACTGTGGTGAACGCTATACTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1011 aa · LXL04_014706|LXL04_014706|OH1004|PROTEIN

MDVDSSMVSSSSEADNNNKSDDVNTNGPPPEEQLESRAADGEDPGEASSAQPLQPQVQQLQAQQTSTSPVGGPRLAPTYTVVNAILEKKEDGPGPRCGHTLTAVAAVGEEGTPNYIGPRLILFGGATALEGNSANAGTPTSAGGAGIRLSGATADVHCYDVLTNKWSRITPFGEPPTPRAAHVATAVGTMVVIQGGIGPAGLSAEDLHVLDLTQQRPRWHRVVVQGPGPGPRYGHVMALVGQRYLMAIGGNDGKRPLADV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014706`
TK1151 ID	TkA02G404190
OH-1004 ID	LXL04_014706
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.497 / OH-1004 78.338 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014706

位置 Chr03:55148496-55153626 (-)

描述 Similar to BSL2: Serine/threonine-protein phosphatase BSL2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08420`	参与伸长过程的磷酸酶，可能通过作为油菜素内酯信号调控因子。	暂无已核实直接文献
`At2g27210`	参与伸长过程的磷酸酶，可能通过作为油菜素内酯信号调控因子。	暂无已核实直接文献
`At4g03080`	参与伸长过程的磷酸酶，可能通过作为油菜素内酯信号调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0617900`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶BSL2同源物。	暂无已核实直接文献
`Os05g0144400`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶BSL1同源物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014706 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08420

ath:AT2G27210

ath:AT4G03080

dosa:Os05g0144400

dosa:Os12g0617900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.586

排名 1 · LXL04_014706 · OH-1004

细胞核0.312

排名 2 · LXL04_014706 · OH-1004

细胞膜0.211

排名 3 · LXL04_014706 · OH-1004

高尔基体0.060

排名 4 · LXL04_014706 · OH-1004

溶酶体／液泡0.057

排名 5 · LXL04_014706 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC788-302 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX4289-266 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1149-215 aa

PF13854.13Kelch_HCF151-428 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1206-294 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX42256-391 aa

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7270-393 aa

PF07646.22Kelch_2337-384 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014706	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	88	302	6.6e-42	144.0
LXL04_014706	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	89	266	9.1e-37	127.4
LXL04_014706	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	149	215	1.6e-19	71.0
LXL04_014706	`PF13854.13`	Kelch_HCF	151	428	2.7e-11	44.1
LXL04_014706	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	206	294	1.6e-19	71.0
LXL04_014706	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	256	391	9.1e-37	127.4
LXL04_014706	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	270	393	6.6e-42	144.0
LXL04_014706	`PF07646.22`	Kelch_2	337	384	1.1e-16	60.5
LXL04_014706	`PF00149.34`	Metallophos	706	913	3.7e-39	135.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJF0`	拟南芥	Serine/threonine-protein phosphatase BSL2	84.893%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SHS7`	拟南芥	Serine/threonine-protein phosphatase BSL3	85.421%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L7U5`	拟南芥	Serine/threonine-protein phosphatase BSL1	61.231%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QM47`	水稻	Serine/threonine-protein phosphatase BSL2 homolog	87.407%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q60EX6`	水稻	Serine/threonine-protein phosphatase BSL1 homolog	60.759%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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