LXL04_014569 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014569

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 52596144-52602947 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2424 bp · LXL04_014569|LXL04_014569|OH1004|cDNA

ATGTACGATTGTGCCAAAAAACGGGGGAGTTCTCAGCTAGCAATGGCGGTACCACATCTTATAACACTGATCGTATTAATATTTCTATCTGAAACACCATTGATATCTTCCTCCTACGCTTCTTTTTCTTCACCGCCATTTGGGTTAAAACTAGGTTCATCTCTCTCAGTTGCCGACTTCCTGATCTCACCAAATGCCATTTACACCGCCGGATTTTACAGCGTTGGGGAGAATGCTTATTGCTTTTCGATATGGTTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2424 bp · LXL04_014569|LXL04_014569|OH1004|CDS

ATGTACGATTGTGCCAAAAAACGGGGGAGTTCTCAGCTAGCAATGGCGGTACCACATCTTATAACACTGATCGTATTAATATTTCTATCTGAAACACCATTGATATCTTCCTCCTACGCTTCTTTTTCTTCACCGCCATTTGGGTTAAAACTAGGTTCATCTCTCTCAGTTGCCGACTTCCTGATCTCACCAAATGCCATTTACACCGCCGGATTTTACAGCGTTGGGGAGAATGCTTATTGCTTTTCGATATGGTTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

807 aa · LXL04_014569|LXL04_014569|OH1004|PROTEIN

MYDCAKKRGSSQLAMAVPHLITLIVLIFLSETPLISSSYASFSSPPFGLKLGSSLSVADFLISPNAIYTAGFYSVGENAYCFSIWFTKPLADGSLTILWMANRDLPVNGRFSKLSLLKTGNLVLKDAYQRLPIWTTNTRDSKASAYLKLNNSGNLCLRNKDGEILWQSFDTPTDTLLPNQPLTKDAPLVSSRSVSNYSSGFYKLFFDNDNVVRLVYSDSKLTGIFWPNPELRAWESGRNTYGSRRIGIMDSSGRFISTDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014569`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014569

位置 Chr03:52596144-52602947 (-)

描述 Similar to PK1: Putative receptor protein kinase ZmPK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19130`	G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g19130。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XQD3`	参与对食草性昆虫褐飞虱（Nilaparvata lugens, BPH）的抗性。	暂无已核实直接文献
`Os04g0202500`	参与对食草性昆虫褐飞虱（Nilaparvata lugens, BPH）的抗性。	暂无已核实直接文献
`Os04g0202300`	参与对食草性昆虫褐飞虱（Nilaparvata lugens, BPH）的抗性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014569 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0048544 recognition of pollen 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19130

dosa:Os04g0202350

dosa:Os04g0202500

osa:9266608

zma:542378

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.848

排名 1 · LXL04_014569 · OH-1004

内质网0.084

排名 2 · LXL04_014569 · OH-1004

细胞质0.067

排名 3 · LXL04_014569 · OH-1004

细胞核0.037

排名 4 · LXL04_014569 · OH-1004

细胞外0.030

排名 5 · LXL04_014569 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01453.31B_lectin96-185 aa

PF00954.26S_locus_glycop275-335 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr535-803 aa

PF00069.32Pkinase536-801 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014569	`PF01453.31`	B_lectin	96	185	1.2e-22	81.1
LXL04_014569	`PF00954.26`	S_locus_glycop	275	335	1.7e-06	29.2
LXL04_014569	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	535	803	1.2e-40	140.2
LXL04_014569	`PF00069.32`	Pkinase	536	801	1.1e-49	169.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64477`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g19130	32.242%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2XQD3`	水稻	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK2	32.550%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JEU6`	水稻	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK3	32.506%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7FAZ2`	水稻	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK2	32.550%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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