LXL04_013915 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013915

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 37872179-37872769 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

591 bp · LXL04_013915|LXL04_013915|OH1004|cDNA

ATGACTCGACTGTACAGATTCCTTTCCGCCGTCGATAAGCCGATGACAATAGCGGACCCGCCTGAGGCAGTAGCTGCGGAATCCGATTTCGTTGTCATCCTCGCCGCTCTCCTTTGTGCTCTAATCTGTGTTGCAGGTCTCATCGCAGTAGCTCGCTGCGCATGGCTCCGTCGCGGATTCGTCGATAGCGGCAACCGGATTCCCGTCCAGCGCGCTGCAAACAGAGGATTAAAAAAGAAGACGATTCAAACGTTTCCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

591 bp · LXL04_013915|LXL04_013915|OH1004|CDS

ATGACTCGACTGTACAGATTCCTTTCCGCCGTCGATAAGCCGATGACAATAGCGGACCCGCCTGAGGCAGTAGCTGCGGAATCCGATTTCGTTGTCATCCTCGCCGCTCTCCTTTGTGCTCTAATCTGTGTTGCAGGTCTCATCGCAGTAGCTCGCTGCGCATGGCTCCGTCGCGGATTCGTCGATAGCGGCAACCGGATTCCCGTCCAGCGCGCTGCAAACAGAGGATTAAAAAAGAAGACGATTCAAACGTTTCCGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

196 aa · LXL04_013915|LXL04_013915|OH1004|PROTEIN

MTRLYRFLSAVDKPMTIADPPEAVAAESDFVVILAALLCALICVAGLIAVARCAWLRRGFVDSGNRIPVQRAANRGLKKKTIQTFPTFTYDSDKEDKGCGSCAKLSSSDCAICLAEYVDGDEIRVLPQCGHGFHVGCIDTWLNSHSSCPSCRQNLVTTRCKKCGELPPVSDGKIVPEAEDKSRKHSSCSSSSDDLP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013915`
TK1151 ID	TkA02G465030
OH-1004 ID	LXL04_013915
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.857 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013915

位置 Chr03:37872179-37872769 (+)

描述 Similar to ATL80: RING-H2 finger protein ATL80

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20823`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At1g76410`	RING-H2 指蛋白 ATL8。	暂无已核实直接文献
`At2g17450`	E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。	Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3
`At4g35480`	E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。	Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3
`At5g05280`	RING-H2指蛋白ATL73。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010966 regulation of phosphate transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048443 stamen development 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0080141 regulation of jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20823

ath:AT1G76410

ath:AT2G17450

ath:AT4G35480

ath:AT5G05280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.440

排名 1 · LXL04_013915 · OH-1004

内质网0.249

排名 2 · LXL04_013915 · OH-1004

溶酶体／液泡0.184

排名 3 · LXL04_013915 · OH-1004

细胞质0.149

排名 4 · LXL04_013915 · OH-1004

细胞核0.135

排名 5 · LXL04_013915 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12861.14zf-ANAPC1197-157 aa

PF12678.14zf-rbx199-152 aa

PF13639.13zf-RING_2109-152 aa

PF17123.12zf-RING_11109-138 aa

PF14634.13zf-RING_5109-153 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2110-151 aa

PF00097.32zf-C3HC4110-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013915	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	97	157	7.1e-07	29.9
LXL04_013915	`PF12678.14`	zf-rbx1	99	152	2e-09	38.2
LXL04_013915	`PF13639.13`	zf-RING_2	109	152	4.4e-15	56.4
LXL04_013915	`PF17123.12`	zf-RING_11	109	138	1.7e-11	44.3
LXL04_013915	`PF14634.13`	zf-RING_5	109	153	1e-05	26.1
LXL04_013915	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	110	151	3e-09	37.3
LXL04_013915	`PF00097.32`	zf-C3HC4	110	151	3.7e-08	33.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LM69`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL80	54.706%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LC69`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL8	51.256%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22755`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL44	53.049%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZT49`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL45	49.419%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLC6`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL73	42.949%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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