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基因概览

LXL04_013821

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 36443190-36457132 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

11640 bp · LXL04_013821|LXL04_013821|OH1004|cDNA

ATGAGTCCTATTCAGAATTTCGAGCAGCATTCTCGCCATCTCATGGAACCCGATATTTCTATTCAAACCAGGCTTCAAATGGCAATGGAGGTACGGGATAGCTTAGAGATAACACACACAGGAGAGTACTTAAATTTCTTGAAGTGCTACTTCCGCCCTTTTTCTGGAATCCTCTATCAGATAACAAAACCACAGTTCACTGACAACCCTGAGCATAAACTGAGAAACATCATCATTGAAATCCTCAACCGCCTTCCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

11640 bp · LXL04_013821|LXL04_013821|OH1004|CDS

ATGAGTCCTATTCAGAATTTCGAGCAGCATTCTCGCCATCTCATGGAACCCGATATTTCTATTCAAACCAGGCTTCAAATGGCAATGGAGGTACGGGATAGCTTAGAGATAACACACACAGGAGAGTACTTAAATTTCTTGAAGTGCTACTTCCGCCCTTTTTCTGGAATCCTCTATCAGATAACAAAACCACAGTTCACTGACAACCCTGAGCATAAACTGAGAAACATCATCATTGAAATCCTCAACCGCCTTCCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3879 aa · LXL04_013821|LXL04_013821|OH1004|PROTEIN

MSPIQNFEQHSRHLMEPDISIQTRLQMAMEVRDSLEITHTGEYLNFLKCYFRPFSGILYQITKPQFTDNPEHKLRNIIIEILNRLPHSEVLRPFVQELLKVAMHVLTTDNEENGLICIRIIFDLLRNFRPTQETEVQPFLDFVCKIYQNFRLTVSHFFESGALVAPAMPPPSSMSALPSLGNEDVKPMEISDQVGSSTATSTGAGQLNPSTRSFKIVTESPLVVMFLFQLYNRLVQTNIPQLLPLMVAAISVPGPDKVPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013821`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_013821`
位置	Chr03:36443190-36457132 (+)
描述	Similar to Nipped-A: Transcription-associated protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013821` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程 GO:0140861 DNA repair-dependent chromatin remodeling 生物过程 GO:1905168 positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:2000779 regulation of double-strand break repair 生物过程 GO:0000123 histone acetyltransferase complex 细胞组分 GO:0000124 SAGA complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG33554 hsa:8295 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.491

排名 1 · LXL04_013821 · OH-1004

细胞核0.271

排名 2 · LXL04_013821 · OH-1004

高尔基体0.203

排名 3 · LXL04_013821 · OH-1004

溶酶体／液泡0.122

排名 4 · LXL04_013821 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 5 · LXL04_013821 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20175.4Tra1_central266-837 aa

PF20206.5Tra1_ring848-2666 aa

PF02259.30FAT2811-3149 aa

PF00454.34PI3_PI4_kinase3545-3791 aa

PF02260.26FATC3848-3879 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013821	`PF20175.4`	Tra1_central	266	837	3.4e-155	518.8
LXL04_013821	`PF20206.5`	Tra1_ring	848	2666		1461.9
LXL04_013821	`PF02259.30`	FAT	2811	3149	1.6e-41	143.4
LXL04_013821	`PF00454.34`	PI3_PI4_kinase	3545	3791	2e-25	90.9
LXL04_013821	`PF02260.26`	FATC	3848	3879	4.1e-07	30.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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