LXL04_013818 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013818

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 36430946-36434123 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1053 bp · LXL04_013818|LXL04_013818|OH1004|cDNA

ATGGGTTGTATGATCGTCTTTGGATTGTTTGTAGGTGGACCAGATGGAGAAGACAAGGTATCATTGGAGCTCACTGAAGAAATCATTCAGAGCATGGAAGTAGGCATGGCATTCCGTGATTATAATGGTAGAATAAGTTCAATGGATTTTCACAGGACATCAAATTACTTGGTGACTGCTAGTGATGATGAATCCATTCGCCTCTATGATGTGTCTAATGCAACATGTTTAAAGACAATTAACAGCAAAAAGTATGGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1053 bp · LXL04_013818|LXL04_013818|OH1004|CDS

ATGGGTTGTATGATCGTCTTTGGATTGTTTGTAGGTGGACCAGATGGAGAAGACAAGGTATCATTGGAGCTCACTGAAGAAATCATTCAGAGCATGGAAGTAGGCATGGCATTCCGTGATTATAATGGTAGAATAAGTTCAATGGATTTTCACAGGACATCAAATTACTTGGTGACTGCTAGTGATGATGAATCCATTCGCCTCTATGATGTGTCTAATGCAACATGTTTAAAGACAATTAACAGCAAAAAGTATGGAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

350 aa · LXL04_013818|LXL04_013818|OH1004|PROTEIN

MGCMIVFGLFVGGPDGEDKVSLELTEEIIQSMEVGMAFRDYNGRISSMDFHRTSNYLVTASDDESIRLYDVSNATCLKTINSKKYGVDLVSFTSHPTTVIYSSKNGWDESLRLLSLHDNKYLRYFKGHHDRHGLCLLVYVLEQIVSFPALLIELFFFGIKELINVRLASCICLYGLLRVKGRPATAYDDQGLVFAVAFGGSIRMFDSRNYEKGPYEIFSVGGDVSDANVVKFSNDGKLMLLTTKDSRVHVLDSFRGTLLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013818`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013818

位置 Chr03:36430946-36434123 (-)

描述 Similar to APRF1: Protein ANTHESIS POMOTING FACTOR 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14530`	核内染色质调控复合物的组成部分（通过相似性推测）。	APRF1 promotes flowering under long days in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2016.09.015

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013818 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001111 RNA polymerase II promoter clearance 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0032785 negative regulation of DNA-templated transcription, elongation 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0071027 nuclear RNA surveillance 生物过程

GO:0110064 lncRNA catabolic process 生物过程

GO:0140744 negative regulation of lncRNA transcription 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14530

mmu:77305

xla:494657

xla:735072

xtr:448141

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.476

排名 1 · LXL04_013818 · OH-1004

细胞质0.423

排名 2 · LXL04_013818 · OH-1004

溶酶体／液泡0.098

排名 3 · LXL04_013818 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 4 · LXL04_013818 · OH-1004

高尔基体0.067

排名 5 · LXL04_013818 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd27-146 aa

PF24814.2WD40_Prp1933-130 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st34-130 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC336-116 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_236-100 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd36-82 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st37-90 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st38-105 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013818	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	27	146	5.8e-10	39.5
LXL04_013818	`PF24814.2`	WD40_Prp19	33	130	6.6e-19	68.8
LXL04_013818	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	34	130	1.3e-17	64.7
LXL04_013818	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	36	116	4.6e-22	79.0
LXL04_013818	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	36	100	4.4e-13	49.9
LXL04_013818	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	36	82	1.2e-10	41.9
LXL04_013818	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	37	90	7.9e-16	58.8
LXL04_013818	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	38	105	4.2e-20	72.9
LXL04_013818	`PF24805.2`	EIF3I	38	106	1.7e-16	61.0
LXL04_013818	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	38	104	5.1e-14	53.0
LXL04_013818	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	40	132	3.4e-29	102.8
LXL04_013818	`PF00400.39`	WD40	42	70	3.7e-12	46.9
LXL04_013818	`PF23410.5`	Beta-prop_VPS8	42	106	1.4e-08	34.9
LXL04_013818	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	185	306	4.4e-13	49.9
LXL04_013818	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	189	331	3.4e-29	102.8
LXL04_013818	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	193	343	5.1e-14	53.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYK6`	拟南芥	Protein ANTHESIS PROMOTING FACTOR 1	45.092%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情