LXL04_013772 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013772

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 35735692-35744480 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2977 bp · LXL04_013772|LXL04_013772|OH1004|cDNA

ATGTCGTCATCAACCGAAGCCAAAATATCCATGGCCAAAACAGTCATTTCCACCATCGGTTCAGTCGCCGCTGCCGCGATGGTGGTTCGCAGCGTCGCCCGTGATTACTTGCCTCCAGAATTCCAAGACTACCTCTTTTACAGCTTCCGCACTTTCATCAACAAGTTCTCCACACACTTAACCATGGTCATCTACGAGTTTGATGGGTTTCGTGACAACGAGATTTACAACGCCACACAACTGTACCTTGCCTCTCGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2955 bp · LXL04_013772|LXL04_013772|OH1004|CDS

ATGTCGTCATCAACCGAAGCCAAAATATCCATGGCCAAAACAGTCATTTCCACCATCGGTTCAGTCGCCGCTGCCGCGATGGTGGTTCGCAGCGTCGCCCGTGATTACTTGCCTCCAGAATTCCAAGACTACCTCTTTTACAGCTTCCGCACTTTCATCAACAAGTTCTCCACACACTTAACCATGGTCATCTACGAGTTTGATGGGTTTCGTGACAACGAGATTTACAACGCCACACAACTGTACCTTGCCTCTCGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

984 aa · LXL04_013772|LXL04_013772|OH1004|PROTEIN

MSSSTEAKISMAKTVISTIGSVAAAAMVVRSVARDYLPPEFQDYLFYSFRTFINKFSTHLTMVIYEFDGFRDNEIYNATQLYLASRISHDVHRLKITKNPSEKNINVAMEINEEFTDVYNGVKFTWSLVSKKTPTREYYNNEDMSGSTRTDLRFLELSFHRKHKDLALNEYLPFIINDAKTRKEQEKTLKLFTIDTKMVYSGYPTVWTPVNLDHPANFSTLAMDTDIKEKVMKDLDRFIQRREYYRKVGKAWKRGYLLYG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013772`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013772

位置 Chr03:35735692-35744480 (+)

描述 Similar to HSR4: Protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50930`	蛋白 HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4。	暂无已核实直接文献
`At3g50940`	AAA-ATP酶 At3g50940。	暂无已核实直接文献
`At5g17760`	AAA-ATP酶 At5g17760。	暂无已核实直接文献
`At2g18193`	AAA-ATP酶 At2g18193。	暂无已核实直接文献
`At5g17730`	AAA-ATP酶 At5g17730。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013772 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009863 salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005740 mitochondrial envelope 细胞组分

GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G50930

ath:AT3G50940

ath:AT5G17760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.639

排名 1 · LXL04_013772 · OH-1004

细胞核0.208

排名 2 · LXL04_013772 · OH-1004

线粒体0.139

排名 3 · LXL04_013772 · OH-1004

细胞膜0.101

排名 4 · LXL04_013772 · OH-1004

内质网0.075

排名 5 · LXL04_013772 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14363.12AAA_assoc37-129 aa

PF05673.20DUF815207-313 aa

PF00004.36AAA256-395 aa

PF25568.1AAA_lid_At3g28540397-467 aa

PF14363.12AAA_assoc519-611 aa

PF05673.20DUF815690-796 aa

PF00004.36AAA739-880 aa

PF25568.1AAA_lid_At3g28540882-952 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013772	`PF14363.12`	AAA_assoc	37	129	9.8e-50	167.7
LXL04_013772	`PF05673.20`	DUF815	207	313	4.2e-11	43.2
LXL04_013772	`PF00004.36`	AAA	256	395	1.2e-40	139.8
LXL04_013772	`PF25568.1`	AAA_lid_At3g28540	397	467	2.1e-47	159.6
LXL04_013772	`PF14363.12`	AAA_assoc	519	611	9.8e-50	167.7
LXL04_013772	`PF05673.20`	DUF815	690	796	4.2e-11	43.2
LXL04_013772	`PF00004.36`	AAA	739	880	1.2e-40	139.8
LXL04_013772	`PF25568.1`	AAA_lid_At3g28540	882	952	2.1e-47	159.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZG2`	拟南芥	Protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4	56.458%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q147F9`	拟南芥	AAA-ATPase At3g50940	52.288%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FN75`	拟南芥	AAA-ATPase At5g17760	44.689%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GW96`	拟南芥	AAA-ATPase At2g18193	44.654%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FN78`	拟南芥	AAA-ATPase At5g17730	43.284%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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