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基因概览

LXL04_012767

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 18454637-18458051 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1206 bp · LXL04_012767|LXL04_012767|OH1004|cDNA

ATGCATCTAAGGGTTGTACTTTGCTTCTCCTCATTGCTTCTAAGTATCGCCGGATTAGCAACTACCGACGCCGCACGTACAAGCTTTAGCAGCACAAATGATCGGAGGAGCCTTTTGGATAACGGACTTGGCCGGACTCCCCAGATGGGATGGAATAGTTGGAATCATTTTGCTTGTAATATCGAAGAAAAATTAATCAGGGAAACAGCGGATGCAATGGTATCAACTGGACTTGCTGCTGCAGGATACCAATATGTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1206 bp · LXL04_012767|LXL04_012767|OH1004|CDS

ATGCATCTAAGGGTTGTACTTTGCTTCTCCTCATTGCTTCTAAGTATCGCCGGATTAGCAACTACCGACGCCGCACGTACAAGCTTTAGCAGCACAAATGATCGGAGGAGCCTTTTGGATAACGGACTTGGCCGGACTCCCCAGATGGGATGGAATAGTTGGAATCATTTTGCTTGTAATATCGAAGAAAAATTAATCAGGGAAACAGCGGATGCAATGGTATCAACTGGACTTGCTGCTGCAGGATACCAATATGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

401 aa · LXL04_012767|LXL04_012767|OH1004|PROTEIN

MHLRVVLCFSSLLLSIAGLATTDAARTSFSSTNDRRSLLDNGLGRTPQMGWNSWNHFACNIEEKLIRETADAMVSTGLAAAGYQYVNIDDCWAELNRDSQGNLVPKGSTFPSGIKALADYVHNKGLKLGIYSDAGSQTCSKQMPGSLGHEVQDANTFASWGIDYLKYDNCNNQDISPKERYPVMTKALQNSGRAIFYSLCEWGQEDPATWAHGVGNSWRTTGDISDNWDSMTNRADENDKWAAYAKPGGWNDPDMLEVGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012767`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012767

位置 Chr03:18454637-18458051 (+)

描述 Similar to Alpha-galactosidase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08370`	可能通过细胞壁松弛和细胞壁扩张来调节叶发育。	An alpha-galactosidase with an essential function during leaf development.2007 · DOI: 10.1007/s00425-006-0350-9
`At5g08380`	可能通过在细胞壁松弛和细胞壁扩张中发挥作用，调节叶片（可能还有其他器官）的发育。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0493600`	水解蜜二糖、棉子糖及水苏糖，底物反应活性依次为棉子糖＞蜜二糖＞水苏糖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0051682 galactomannan catabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0004557 alpha-galactosidase activity 分子功能

GO:0052692 raffinose alpha-galactosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08370

ath:AT5G08380

dosa:Os10g0493600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.909

排名 1 · LXL04_012767 · OH-1004

细胞质0.036

排名 2 · LXL04_012767 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 3 · LXL04_012767 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 4 · LXL04_012767 · OH-1004

内质网0.017

排名 5 · LXL04_012767 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16499.12Melibiase_246-310 aa

PF17450.9Melibiase_2_C313-377 aa

PF17801.8Melibiase_C322-398 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012767	`PF16499.12`	Melibiase_2	46	310	2.2e-79	267.5
LXL04_012767	`PF17450.9`	Melibiase_2_C	313	377	2e-06	28.6
LXL04_012767	`PF17801.8`	Melibiase_C	322	398	1.9e-21	76.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RX86`	拟南芥	Alpha-galactosidase 2	71.139%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FT97`	拟南芥	Alpha-galactosidase 1	63.452%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FXT4`	水稻	Alpha-galactosidase	72.376%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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