LXL04_012392 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012392

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11531315-11535277 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2071 bp · LXL04_012392|LXL04_012392|OH1004|cDNA

AATAGTCAAGTCAAAAACCCAAGCAAATCGTCAATAAAACGATAACGACCACTTCAGTACAAATCGAAAAATCCTTCCCATATCTTTTTCCAAAATCAAACATTTTTCACTCTTTTCAAACATGGCGGCCAAAGCCACAATTACTATTATGCTCGCGGTGGCGCTGATTTTAATGACGGCGGATTTCGCCACCTCCGCCACCCGCTGCCCTGACTGTGGCTCCACACAAGTTCCGTACCCACTCAGCACCGGACCCAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1950 bp · LXL04_012392|LXL04_012392|OH1004|CDS

ATGGCGGCCAAAGCCACAATTACTATTATGCTCGCGGTGGCGCTGATTTTAATGACGGCGGATTTCGCCACCTCCGCCACCCGCTGCCCTGACTGTGGCTCCACACAAGTTCCGTACCCACTCAGCACCGGACCCAGTTGCGGCGACCAGTCTTACAGGATCCGGTGCGATGCGAATGCAGGAGCCTTGTACTTCAACAGCATAAACAACACCTATCCAATCTCCTCCATCTCTCAGGCCACCCAACGGTTCGTGATCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

649 aa · LXL04_012392|LXL04_012392|OH1004|PROTEIN

MAAKATITIMLAVALILMTADFATSATRCPDCGSTQVPYPLSTGPSCGDQSYRIRCDANAGALYFNSINNTYPISSISQATQRFVIRPPTFLNNNTTCVTADISSRGLHLDPNLPFNITSGNTILYLNCSESLLRSPLNCTSTSLCHTYINNSAEASACGRAPLCCTFRTGGSTTTYSIRVRDGGCQAYRSFPNLDYSLPVSRWPDAGVEIQWVSPPEPLCGSQSDCDSSSTCMPSDTAGVRRCFCNTGLHWDAIAGVCA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012392`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012392

位置 Chr03:11531315-11535277 (+)

描述 Similar to WAKL20: Wall-associated receptor kinase-like 20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02070`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At3g53840`	推定的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能作为细胞外基质组分的信号受体。	暂无已核实直接文献
`At1g21240`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At1g21230`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	暂无已核实直接文献
`At1g21210`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能充当细胞外基质成分的信号传导受体。	Antisense expression of a cell wall-associated protein kinase, WAK4, inhibits cell elongation and alters morphology.2001 · DOI: 10.1105/tpc.13.6.1317

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012392 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21210

ath:AT1G21230

ath:AT1G21240

ath:AT3G53840

ath:AT5G02070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.878

排名 1 · LXL04_012392 · OH-1004

细胞质0.084

排名 2 · LXL04_012392 · OH-1004

内质网0.069

排名 3 · LXL04_012392 · OH-1004

细胞核0.051

排名 4 · LXL04_012392 · OH-1004

细胞外0.024

排名 5 · LXL04_012392 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13947.12GUB_WAK_bind29-86 aa

PF00069.32Pkinase357-626 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr359-627 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012392	`PF13947.12`	GUB_WAK_bind	29	86	4.1e-08	34.2
LXL04_012392	`PF00069.32`	Pkinase	357	626	1.1e-44	153.5
LXL04_012392	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	359	627	1.6e-47	162.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZM4`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 20	55.063%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M342`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase-like 15	49.219%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LMN8`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase 3	33.430%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LMN7`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase 5	33.774%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LMN6`	拟南芥	Wall-associated receptor kinase 4	32.366%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情