LXL04_012387 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012387

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11479108-11492735 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

10275 bp · LXL04_012387|LXL04_012387|OH1004|cDNA

ATGGCTCCAAAATTAGCTAACGCTACCACGTCTACTGAAGAAGAAAGTTCCATTCCAGTCACATCGTCTCTTTATGTAGTTAAAGATAGCAATCATGCGATTAGTTTAGATCCAAAGGACTATGCGGAAACCGTCAGAGTGGTTATCGAATTCTTGAACGTTTTCCCCCTTCACGAAGCTTTAACTGCGGTTCCAAAAACCCCTATTTCGCAGGTTCTTATGAAATTAGCTGTTGATTCGTTCGTGAAAAATGATGACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

10275 bp · LXL04_012387|LXL04_012387|OH1004|CDS

ATGGCTCCAAAATTAGCTAACGCTACCACGTCTACTGAAGAAGAAAGTTCCATTCCAGTCACATCGTCTCTTTATGTAGTTAAAGATAGCAATCATGCGATTAGTTTAGATCCAAAGGACTATGCGGAAACCGTCAGAGTGGTTATCGAATTCTTGAACGTTTTCCCCCTTCACGAAGCTTTAACTGCGGTTCCAAAAACCCCTATTTCGCAGGTTCTTATGAAATTAGCTGTTGATTCGTTCGTGAAAAATGATGACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3424 aa · LXL04_012387|LXL04_012387|OH1004|PROTEIN

MAPKLANATTSTEEESSIPVTSSLYVVKDSNHAISLDPKDYAETVRVVIEFLNVFPLHEALTAVPKTPISQVLMKLAVDSFVKNDDNTITVNIQNDMKATITKSMFLNAIRVPENPSNFTICKPTKEEIAQFKQEIGYIHPQKAKNKSDLVKSGCPAVWQVLIHLLLRSLSGKSGGTDSLNLLWTDFIYSIWSNRPNAVDVPQLLWDEFILYTSRRKNQEMPLERFWALTLEAVYKEHKINPTPDDSSLVCTFTNLKGYK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012387`
TK1151 ID	TkA02G443440
OH-1004 ID	LXL04_012387
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	81.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 22.313 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012387

位置 Chr03:11479108-11492735 (-)

描述 Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08020`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012387 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08020

cje:Cj0945c

mmu:208084

xla:734585

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.916

排名 1 · LXL04_012387 · OH-1004

细胞质0.166

排名 2 · LXL04_012387 · OH-1004

线粒体0.035

排名 3 · LXL04_012387 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 4 · LXL04_012387 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_012387 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14214.12Helitron_like_N1707-1891 aa

PF05970.21PIF12359-2581 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom2683-2728 aa

PF02721.22DUF2232822-2922 aa

PF08646.17Rep_fac-A_C3087-3188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012387	`PF14214.12`	Helitron_like_N	1707	1891	1.1e-57	196.1
LXL04_012387	`PF05970.21`	PIF1	2359	2581	7.2e-82	275.0
LXL04_012387	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	2683	2728	1.1e-21	77.0
LXL04_012387	`PF02721.22`	DUF223	2822	2922	6.3e-10	40.0
LXL04_012387	`PF08646.17`	Rep_fac-A_C	3087	3188	2e-10	41.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SD82`	拟南芥	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B	24.074%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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