LXL04_012212 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012212

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 8321566-8326357 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3516 bp · LXL04_012212|LXL04_012212|OH1004|cDNA

ATGGATGTAACTCTACCTCCTCCTCTCATGGTTTCTCAAGGCTTTCTTCCAACTGATTCTCTGTTAGAATCACTCATCCAAATCTCAAATGAAGTAGCATCCATGGAAAAAACCCCAACCACACAATCCAAAAACGTGTCAACAACCATAAGAAGGATCAAGATTCTTTCATCATTGTTCCAAGAGATTCAGGAAACAAACACTCAACTCCCGCCTTCTTCCATTTTGTGTTTGACAGAGCTTTATTCTGTTATTCGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3516 bp · LXL04_012212|LXL04_012212|OH1004|CDS

ATGGATGTAACTCTACCTCCTCCTCTCATGGTTTCTCAAGGCTTTCTTCCAACTGATTCTCTGTTAGAATCACTCATCCAAATCTCAAATGAAGTAGCATCCATGGAAAAAACCCCAACCACACAATCCAAAAACGTGTCAACAACCATAAGAAGGATCAAGATTCTTTCATCATTGTTCCAAGAGATTCAGGAAACAAACACTCAACTCCCGCCTTCTTCCATTTTGTGTTTGACAGAGCTTTATTCTGTTATTCGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1171 aa · LXL04_012212|LXL04_012212|OH1004|PROTEIN

MDVTLPPPLMVSQGFLPTDSLLESLIQISNEVASMEKTPTTQSKNVSTTIRRIKILSSLFQEIQETNTQLPPSSILCLTELYSVIRRVKSLIQECKEGSCLWNLVRAESISNQFYVIVKEMSRALDILPLSLLKIAADTREQVELLHKQVKRVELLLDSKEVQRRDELLQVMMASTKSKSNSKAVIDFEKLKVIMSRIGLKTPFDYEGEISKLEAEAEKEAGTGGLIVVSNINNLISLVSLSKSIVFSREDHKTAEEDKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012212`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012212

位置 Chr03:8321566-8326357 (-)

描述 Similar to PUB1: U-box domain-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46510`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At1g29340`	充当 E3 泛素连接酶。	The E3 ubiquitin ligase activity of arabidopsis PLANT U-BOX17 and its functional tobacco homolog ACRE276 are required for cell death and defense.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039198
`At3g54850`	与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。	Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0102700`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012212 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29340

ath:AT3G46510

ath:AT3G54850

dosa:Os06g0102700

mtr:11430446

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.573

排名 1 · LXL04_012212 · OH-1004

细胞核0.366

排名 2 · LXL04_012212 · OH-1004

细胞膜0.164

排名 3 · LXL04_012212 · OH-1004

内质网0.056

排名 4 · LXL04_012212 · OH-1004

质体0.036

排名 5 · LXL04_012212 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19584.4MCAfunc40-162 aa

PF25368.2PUB10_N47-152 aa

PF04564.22U-box276-346 aa

PF25598.2ARM_PUB409-672 aa

PF00514.30Arm423-460 aa

PF24768.2ARM_ARMC5423-612 aa

PF05701.17WEMBL888-1156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012212	`PF19584.4`	MCAfunc	40	162	1.1e-07	32.4
LXL04_012212	`PF25368.2`	PUB10_N	47	152	5.1e-15	56.9
LXL04_012212	`PF04564.22`	U-box	276	346	3.1e-20	72.8
LXL04_012212	`PF25598.2`	ARM_PUB	409	672	4.9e-24	86.0
LXL04_012212	`PF00514.30`	Arm	423	460	8.1e-25	86.7
LXL04_012212	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	423	612	1.1e-10	42.2
LXL04_012212	`PF05701.17`	WEMBL	888	1156	1.6e-11	44.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SNC6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 13	39.549%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7R6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 17	36.652%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VZ40`	拟南芥	U-box domain-containing protein 14	36.818%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5VRH9`	水稻	U-box domain-containing protein 12	36.785%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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