LXL04_012071 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012071

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 5885500-5895286 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3309 bp · LXL04_012071|LXL04_012071|OH1004|cDNA

ATGAAAATGGCGGCCGGCTTGCTTCTCCTTCTCATCGCTCTTCTCTCCACGGTAACAGGAGATGAGGCTAAGAGTTCAAGTAATTTTCCATTAGTAGTAAGCACCTGGCCCTTCTTAGAAGCTGTGAGAGCTGGATGGAGGGCTATCAATGGTGGATTATCTCCCATTGATGCAGTTGTTGAAGGTTGTTCAGCTTGTGAGATACTTAGATGTGATGGTACAGTTGGACCTGGTGGGAGTCCAGATGAGAACAGTGAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3309 bp · LXL04_012071|LXL04_012071|OH1004|CDS

ATGAAAATGGCGGCCGGCTTGCTTCTCCTTCTCATCGCTCTTCTCTCCACGGTAACAGGAGATGAGGCTAAGAGTTCAAGTAATTTTCCATTAGTAGTAAGCACCTGGCCCTTCTTAGAAGCTGTGAGAGCTGGATGGAGGGCTATCAATGGTGGATTATCTCCCATTGATGCAGTTGTTGAAGGTTGTTCAGCTTGTGAGATACTTAGATGTGATGGTACAGTTGGACCTGGTGGGAGTCCAGATGAGAACAGTGAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1102 aa · LXL04_012071|LXL04_012071|OH1004|PROTEIN

MKMAAGLLLLLIALLSTVTGDEAKSSSNFPLVVSTWPFLEAVRAGWRAINGGLSPIDAVVEGCSACEILRCDGTVGPGGSPDENSETTMDALIMNGATMEVGAVAAMRYVKDGIKAARLVMLHTEHTMLAGDQASAFAISMGLQGPSNLSSIESMEKWIKWKENQCQPNFRKNVVPTDSCGPYYRKKDVNLDDKTCLVEDVAENIRMKSSYVDFHNHDTISMAIFDKSGHIAVGTSTNGASFKIPGRVGDGPIAGSSAYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012071`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012071

位置 Chr03:5885500-5895286 (+)

描述 Similar to CERK: Ceramide kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51290`	特异性催化神经酰胺磷酸化形成神经酰胺 1-磷酸。	Ceramides modulate programmed cell death in plants.2003 · DOI: 10.1101/gad.1140503
`At5g61540`	参与天冬酰胺分解代谢，同时也参与蛋白质降解的最后步骤，通过水解多种异天冬酰基二肽实现。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0656200`	特异性催化神经酰胺磷酸化形成神经酰胺 1-磷酸。	A conserved cysteine motif is critical for rice ceramide kinase activity and function.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0018079

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012071 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006517 protein deglycosylation 生物过程

GO:0006672 ceramide metabolic process 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G51290

ath:AT5G61540

dosa:Os02g0656200

dya:Dyak_GE19290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.278

排名 1 · LXL04_012071 · OH-1004

高尔基体0.240

排名 2 · LXL04_012071 · OH-1004

细胞膜0.184

排名 3 · LXL04_012071 · OH-1004

溶酶体／液泡0.166

排名 4 · LXL04_012071 · OH-1004

细胞质0.160

排名 5 · LXL04_012071 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01112.24Asparaginase_224-331 aa

PF00781.30DAGK_cat518-597 aa

PF19280.5CERK_C729-944 aa

PF04511.21DER1949-1073 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012071	`PF01112.24`	Asparaginase_2	24	331	1.2e-71	242.1
LXL04_012071	`PF00781.30`	DAGK_cat	518	597	3.7e-17	62.8
LXL04_012071	`PF19280.5`	CERK_C	729	944	5.5e-18	66.0
LXL04_012071	`PF04511.21`	DER1	949	1073	1.3e-21	78.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6USK2`	拟南芥	Ceramide kinase	56.048%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q56W64`	拟南芥	Probable isoaspartyl peptidase/L-asparaginase 3	72.156%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0LT23`	水稻	Ceramide kinase	49.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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