LXL04_012018 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012018

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 4881470-4893132 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3888 bp · LXL04_012018|LXL04_012018|OH1004|cDNA

atgaaaaatgaatCGGATTATTTGGAGGGAATTGTCGTGTTTGTTGGGACTATATGGACCGCTGTCACAGCAGTGAACAACAGGATTCTCTCTATTTATGTCACTTCCACAACCTTCATCAGAATTGAAGGAACCTCGAATAATCCCGTTGATGATGGTCATGAAACCTTACATCATAATAATCAAGGATCACATTCATTCGTCAAATTGAGGAAAATACCCCCAATCCCGATTCGTCGGATCCACACCATGTCTGAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3888 bp · LXL04_012018|LXL04_012018|OH1004|CDS

ATGAAAAATGAATCGGATTATTTGGAGGGAATTGTCGTGTTTGTTGGGACTATATGGACCGCTGTCACAGCAGTGAACAACAGGATTCTCTCTATTTATGTCACTTCCACAACCTTCATCAGAATTGAAGGAACCTCGAATAATCCCGTTGATGATGGTCATGAAACCTTACATCATAATAATCAAGGATCACATTCATTCGTCAAATTGAGGAAAATACCCCCAATCCCGATTCGTCGGATCCACACCATGTCTGAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1295 aa · LXL04_012018|LXL04_012018|OH1004|PROTEIN

MKNESDYLEGIVVFVGTIWTAVTAVNNRILSIYVTSTTFIRIEGTSNNPVDDGHETLHHNNQGSHSFVKLRKIPPIPIRRIHTMSETRDNNVGGGCDDDIKGNEDRDRKTSEIDILDASSLGLNRIRSRSSASHRNNDSTAGTASKLGAYDVDKISNPPGAKVDTTQQPPKADPGKKVSWGQSKSLQVQLLSDTGMEGSNSAFAKEMQSPRFQAIMRVTSGRKKKVPDIKSFSHELNSEGVRPFPLWKPRAYGHVEEIMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012018`
TK1151 ID	TkA02G592450
OH-1004 ID	LXL04_012018
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.853 / OH-1004 83.166 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012018

位置 Chr03:4881470-4893132 (+)

描述 Similar to IRE: Probable serine/threonine protein kinase IRE

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62310`	调节根尖生长。	暂无已核实直接文献
`At3g17850`	可能参与根毛伸长。	暂无已核实直接文献
`At1g48490`	可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRE3。	暂无已核实直接文献
`At1g45160`	可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRE4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012018 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分

GO:0035618 root hair 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45160

ath:AT1G48490

ath:AT3G17850

ath:AT5G62310

xla:447257

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.510

排名 1 · LXL04_012018 · OH-1004

细胞核0.309

排名 2 · LXL04_012018 · OH-1004

细胞膜0.167

排名 3 · LXL04_012018 · OH-1004

线粒体0.081

排名 4 · LXL04_012018 · OH-1004

高尔基体0.075

排名 5 · LXL04_012018 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26031.1IREH1247-365 aa

PF00069.32Pkinase778-1070 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr779-926 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr974-1055 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012018	`PF26031.1`	IREH1	247	365	1.5e-54	184.1
LXL04_012018	`PF00069.32`	Pkinase	778	1070	4e-62	210.7
LXL04_012018	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	779	926	4.5e-30	105.5
LXL04_012018	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	974	1055	4.5e-30	105.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LE81`	拟南芥	Probable serine/threonine protein kinase IRE	57.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4J6F6`	拟南芥	Probable serine/threonine protein kinase IREH1	48.574%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4HYG2`	拟南芥	Probable serine/threonine protein kinase IRE3	48.411%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4HPN2`	拟南芥	Probable serine/threonine protein kinase IRE4	42.826%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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