LXL04_011999 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011999

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 4447410-4453834 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3654 bp · LXL04_011999|LXL04_011999|OH1004|cDNA

ATGCCTTCACTTGCCGTTCTACCTGAAACCCTATCCCCATCATCTGAAGTCCTCAAGACGAAGACCAAGAAGATGAAGAACGACACCTCCGAAACCGTCGGACTCGAATCTTCAATcaagaaagagaaaaagagcAAAAAGAATAAGACCGACACTCCTTCCGATACTGAAAAATCCGAGAAAAAAAGCAAGAAGAAACGTAAGGCTTCTTCGGATACAGATAACGAAGAAGGAAAGAGCGATACAAGCGAACTAGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3654 bp · LXL04_011999|LXL04_011999|OH1004|CDS

ATGCCTTCACTTGCCGTTCTACCTGAAACCCTATCCCCATCATCTGAAGTCCTCAAGACGAAGACCAAGAAGATGAAGAACGACACCTCCGAAACCGTCGGACTCGAATCTTCAATCAAGAAAGAGAAAAAGAGCAAAAAGAATAAGACCGACACTCCTTCCGATACTGAAAAATCCGAGAAAAAAAGCAAGAAGAAACGTAAGGCTTCTTCGGATACAGATAACGAAGAAGGAAAGAGCGATACAAGCGAACTAGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1217 aa · LXL04_011999|LXL04_011999|OH1004|PROTEIN

MPSLAVLPETLSPSSEVLKTKTKKMKNDTSETVGLESSIKKEKKSKKNKTDTPSDTEKSEKKSKKKRKASSDTDNEEGKSDTSELVEPVNLKIEESMKKSKKKKTKTAEVDEEVEPIKEENPNAVSNFRVSEPLRNALKAKGIEALFPIQARTFDSIYDGLDLIGKAKTGQGKTLAFILPILESLINGPEKASRKTGYGRSPTILVLLPTRELAKQVFTDFKYYGESVGLTSCCLYGGGGASISPQTMQLKRGVDIVVGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011999`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011999

位置 Chr03:4447410-4453834 (-)

描述 Similar to RH7: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62190`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶7。	暂无已核实直接文献
`At1g69500`	参与花粉壁发育。	CYP704B1 is a long-chain fatty acid omega-hydroxylase essential for sporopollenin synthesis in pollen of Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.144469

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0520700`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶7。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011999 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程

GO:0080110 sporopollenin biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004497 monooxygenase activity 分子功能

GO:0005506 iron ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69500

ath:AT5G62190

dosa:Os09g0520700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.644

排名 1 · LXL04_011999 · OH-1004

细胞质0.135

排名 2 · LXL04_011999 · OH-1004

细胞核0.109

排名 3 · LXL04_011999 · OH-1004

线粒体0.076

排名 4 · LXL04_011999 · OH-1004

细胞膜0.067

排名 5 · LXL04_011999 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD148-325 aa

PF00271.38Helicase_C367-470 aa

PF26142.1DD_DDX21-DDX50504-556 aa

PF08152.19GUCT559-654 aa

PF00067.28p450760-1199 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011999	`PF00270.36`	DEAD	148	325	1e-39	136.7
LXL04_011999	`PF00271.38`	Helicase_C	367	470	3.2e-26	92.4
LXL04_011999	`PF26142.1`	DD_DDX21-DDX50	504	556	8.6e-20	71.3
LXL04_011999	`PF08152.19`	GUCT	559	654	9.9e-29	100.1
LXL04_011999	`PF00067.28`	p450	760	1199	2.5e-68	231.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39189`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 7	68.624%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C788`	拟南芥	Cytochrome P450 704B1	44.130%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q650T9`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 7	65.121%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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