LXL04_011965 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011965

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 3756655-3758317 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1089 bp · LXL04_011965|LXL04_011965|OH1004|cDNA

ATGGGCAAGGGAGGAAAGAGTGACGGCTCAAATGGAGAAGAAGAAAACATGGCTGCTTGGCTGGTTTCCATCAACACCCTCAAGATCCAGCCCTTTAAGCTTCCACCTCTTGGGCCCTATGATGTTAGAGTAAGGATGAAAGCTGTGGGTATCTGCGGTAGCGATGTTCACTATCTCAAGACATTAAGATGTGCAGATTTTGTGGTGAAAGAACCAATGGTTATCGGACATGAATGTGCTGGAGTGATTGAAGAAATTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1089 bp · LXL04_011965|LXL04_011965|OH1004|CDS

ATGGGCAAGGGAGGAAAGAGTGACGGCTCAAATGGAGAAGAAGAAAACATGGCTGCTTGGCTGGTTTCCATCAACACCCTCAAGATCCAGCCCTTTAAGCTTCCACCTCTTGGGCCCTATGATGTTAGAGTAAGGATGAAAGCTGTGGGTATCTGCGGTAGCGATGTTCACTATCTCAAGACATTAAGATGTGCAGATTTTGTGGTGAAAGAACCAATGGTTATCGGACATGAATGTGCTGGAGTGATTGAAGAAATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

362 aa · LXL04_011965|LXL04_011965|OH1004|PROTEIN

MGKGGKSDGSNGEEENMAAWLVSINTLKIQPFKLPPLGPYDVRVRMKAVGICGSDVHYLKTLRCADFVVKEPMVIGHECAGVIEEIGSNVEDLVPGDRVALEPGISCWRCTQCKEGRYNLCPDMKFFATPPVHGSLANQVVHPADLCFKLPENVSLEEGAMCEPLSVGVHACRRANIGPETNVLVMGAGPIGLVAMLAARAFGAPRIVIVDVDDSRLSVAKQLGADEIIKVSINLQDVEGEVELIQKAMGGGVDVSFDCA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011965`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011965

位置 Chr03:3756655-3758317 (-)

描述 Similar to SDH: Sorbitol dehydrogenase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51970`	可能催化多种糖醇的 NAD⁺ 依赖性氧化。	Sorbitol dehydrogenase is a cytosolic protein required for sorbitol metabolism in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2013.01.012

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011965 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006060 sorbitol metabolic process 生物过程

GO:0006062 sorbitol catabolic process 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009725 response to hormone 生物过程

GO:0019640 D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate 生物过程

GO:0030317 flagellated sperm motility 生物过程

GO:0031667 response to nutrient levels 生物过程

GO:0046183 L-idonate catabolic process 生物过程

GO:0046370 fructose biosynthetic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0046688 response to copper ion 生物过程

GO:0051160 xylitol catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G51970

bta:508954

mmu:20322

rno:24788

vvi:100232980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.590

排名 1 · LXL04_011965 · OH-1004

细胞核0.222

排名 2 · LXL04_011965 · OH-1004

线粒体0.164

排名 3 · LXL04_011965 · OH-1004

过氧化物酶体0.099

排名 4 · LXL04_011965 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 5 · LXL04_011965 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08240.18ADH_N38-152 aa

PF16912.12Glu_dehyd_C160-288 aa

PF00107.33ADH_zinc_N190-321 aa

PF13602.13ADH_zinc_N_2223-339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011965	`PF08240.18`	ADH_N	38	152	1.9e-27	96.3
LXL04_011965	`PF16912.12`	Glu_dehyd_C	160	288	1.1e-08	35.5
LXL04_011965	`PF00107.33`	ADH_zinc_N	190	321	1.8e-30	106.3
LXL04_011965	`PF13602.13`	ADH_zinc_N_2	223	339	2.9e-07	32.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ95`	拟南芥	Sorbitol dehydrogenase	85.440%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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